まずは全体像から
LAMMPS の流れを一気に掴みたい人はこちら。分子動力学の初期化から出力までを、読み物+数式で追体験できます。
分子動力学ワークフロー解説このサイトは LAMMPS2001 FORTRAN コードの探索と解説資料への導線をまとめたポータルです。 コアソースとツール群の関連ドキュメント(TeX / PDF)を表形式で一覧でき、 日本語ドキュメントや構造概要にも素早くアクセスできます。
MPI なし環境向けスタブ実装とヘッダ類をまとめています。
| モジュール | 役割・内容 | 関連/備考 | ソースコード | TeX ドキュメント | PDF 解説 |
|---|---|---|---|---|---|
STUBS/ |
MPI スタブ。 | serial ビルドで使用。 | src/STUBS/ | STUBS_overview.tex | |
STUBS/Makefile |
スタブビルドルール。 | — | src/STUBS/Makefile | Makefile.tex | |
STUBS/mpi_c.c |
C 向け MPI スタブ。 | — | src/STUBS/mpi_c.c | mpi_c.tex | |
STUBS/mpi_fortran.f |
Fortran 向け MPI スタブ。 | — | src/STUBS/mpi_fortran.f | mpi_fortran.tex | |
STUBS/mpi.h |
C 用 MPI 定義。 | — | src/STUBS/mpi.h | mpi.tex | |
STUBS/mpif.h |
Fortran 用 MPI 定義。 | — | src/STUBS/mpif.h | mpif.tex |
src/ 配下の主要ソースと関連ドキュメントを一望できます。
ツールの用途と関連ドキュメントを整理しています。
| ツール | 役割・内容 | 関連/備考 | ソースコード | TeX ドキュメント | PDF 解説 |
|---|---|---|---|---|---|
Makefile |
ユーティリティビルド用。 | 必要なツールのみコンパイル。 | tools/Makefile | Makefile.tex | |
peek_restart.f |
再スタートファイル内容の表示。 | 再開前の確認に利用。 | tools/peek_restart.f | peek_restart.tex | |
replicate.c |
データファイル複製・拡張。 | 単位セル複製やボックス変更に使用。 | tools/replicate.c | replicate.tex | |
restart2data.f |
再スタート → テキスト変換。 | 途中状態の再利用。 | tools/restart2data.f | restart2data.tex | |
setup_chain.f |
ポリマーデータ生成。 | true flags を付与。 | tools/setup_chain.f | setup_chain.tex | |
setup_flow_2d.f |
2D 流体系データ生成。 | 壁粒子配置を自動化。 | tools/setup_flow_2d.f | setup_flow_2d.tex | |
setup_lj.f |
LJ 系データ生成。 | examples/lj で利用。 |
tools/setup_lj.f | setup_lj.tex |
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外部形式とのデータ往来に使うコンバータ群です。
| ツール | 役割・内容 | 関連/備考 | ソースコード | TeX ドキュメント | PDF 解説 |
|---|---|---|---|---|---|
converters/amber/ |
AMBER 形式→LAMMPS 変換。 | README | converters/amber/amber2lammps.py | converters_amber_overview.tex | |
converters/lmp2arc/ |
LAMMPS データ→ACCELERYS ARC 変換。 | README | converters/lmp2arc/src/lmp2arc.c | converters_lmp2arc_overview.tex | |
converters/msi2lmp/ |
MSI/Discover 形式→LAMMPS 変換。 | README | converters/msi2lmp/src/msi2lmp.c | converters_msi2lmp_overview.tex |