入力コマンド

このページには、有効な LAMMPS コマンドの完全なリストが含まれています。 入力スクリプトからの読み込み。こうすると一番分かりやすいでしょう 例にあるサンプル入力スクリプトを見ながら読んでください。 ディレクトリ。

入力コマンドのスクリプトは LAMMPS によって一度に 1 行ずつ読み取られます。 各コマンドにより、LAMMPS は何らかのアクションを実行します。通常、それは単純に いくつかの内部変数が設定されます。またはデータが発生する可能性があります 読み込まれるファイル、または実行されるシミュレーション。ほとんどのコマンドは デフォルト設定があるため、特定の設定のみを使用する必要があります。 デフォルト設定を望まない場合は、コマンドを使用してください。

各 LAMMPS 入力スクリプトには、「読み取りデータ」（または「読み取りデータ」）が 1 つだけ含まれています。 restart") シミュレーションする問題を定義するコマンド。その他すべて コマンドは 3 つのカテゴリに分類できます。 (a) コマンド (if used) は、次のように定義されているため、「read data」コマンドの前に指定する必要があります。 問題を正しく読み込んでメモリを割り当てるために必要な設定 (b) 「データ読み取り」コマンドの後に出現する必要があるコマンド なぜなら、それらは指定された問題に対処するためであり、(c) コマンドは次のようなことができるからです。 「データ読み取り」コマンドの前後に表示されます。のコマンドカテゴリ (c) は、デフォルトの場合、「データ読み取り」コマンドの前に使用されます。 問題の説明を行う前に設定を変更する必要があります 読み込み。これらは、ユーザーが「データ読み取り」コマンドの後に使用できます。 次の「実行」または「最小化」コマンドの前に設定を変更したい が使用されます。これらの制限を除けば、コマンドは一般的に使用できます。 入力スクリプト内の任意の順序で使用できますが、一部のコマンドでは その他は事前に指定されています。

各 LAMMPS 入力スクリプトには、1 つ以上の「実行」または「最小化」も含まれています。 コマンド。これらは実際のダイナミクスまたは最小化計算をトリガーします。 やるべきこと。実行後、カテゴリ (b) および (c) からの新しいコマンド さまざまな設定を変更したり、追加の「実行」コマンドを使用したりできます その後、前のシミュレーションを続行するために使用できます。 LAMMPSは続く 入力スクリプトからファイルの終わりまで連続した行を読み取ります。 に達すると、LAMMPS が終了します。

このページでは各コマンドの例を示します。そのうちのいくつかは次のようになります。 複数のスタイルで指定されます。通常、コマンドには 1 つ以上のコマンドが必要です パラメータ。各コマンドのキーワードは左端から始まる必要があります。列と、コマンド内のすべての文字とそのパラメータは次のようになります。 小文字 (NULL という単語やファイル名の文字を除く)。 パラメータは任意の数のスペースで区切ることができます。 コマンドが 1 行に収まる限り、タブを使用します。残りの部分は、 最後のパラメータの後の行は無視されます。

次のセクションでは、LAMMPS 入力スクリプトの構造の概要を説明します。の 最後のセクションでは、コマンドの詳細な説明を示します。 アルファベット順、それぞれに関連するパラメータとデフォルト 設定。

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** LAMMPS入力スクリプトの構造

# で始まる行はコメントです。 コメントは入力スクリプト内のどこにでも記述できます。

(1) 初期化設定（「データ読み込み」または「読み込み」の前に必ず記述してください） 再起動"）

(2) オプションの設定 (「データの読み取り」の前後またはその両方に表示できます) 「読み取り再開」)

(3) 「データ読み取り」または「再起動読み取り」コマンドによる問題の読み取り

(4) オプション設定（(2)と同じ）

(5) 問題の設定 (「データの読み取り」または「読み取りの再開」の後に必ず表示されます)

ベロシティクリエーション力場のパラメータ
制約
アンサンブルコントロール
出力制御
インテグレータ設定
ミニマイザーの設定
        

(6) 「run」または「minimize」コマンドによるシミュレーションの実行

(4)、(5)、(6)を必要に応じて繰り返します...

** 初期化設定

(使用する場合は、「データの読み取り」または「再起動の読み取り」コマンドの前に指定する必要があります)

単位は実数

追加メモリ 2.0 1.5 2.0 2.5 次元 3 プロセッサーグリッド 10 10 10 周期性 0 0 0 スラブボリューム 3.0 ニュートン旗 3 真のフラグ 0 最大カットオフ 10.0 幾何学的な混合スタイル バージョン5を再起動します

** オプションの設定

(使用する場合、「データの読み取り」または「再起動の読み取り」の前および/または後に表示できます) 指示）

隣人 2.0 1 1 10 1

ノンボンドスタイル なし ノンボンドスタイル lj/カットオフ 10.0 0 ノンボンドスタイル lj/スムース 8.0 10.0 ノンボンドスタイル lj/シフト 10.0 0 ノンボンドスタイルソフト2.5 ノンボンドスタイル クラス2/カットオフ 10.0 0 ノンボンドスタイル lj/charmm 15.0 15.1

クーロンスタイルなし クーロンスタイルカットオフ 10.0クーロン スタイル スムース 8.0 10.0 クーロンスタイルエワルド 10.0 1.0E-4 クーロン式pppm 10.0 1.0E-4 クーロンスタイルチャーム/スイッチ 15.0 15.1 クーロンスタイルデバイ 10.0 0.5

ボンドスタイルなし ボンドスタイルハーモニック ボンドスタイルフェン/スタンダード ボンドスタイルフェネ/シフト 結合スタイルの非線形 ボンドスタイルクラス2

アングルスタイルなし アングルスタイルハーモニック アングルスタイルクラス2 アングルスタイルチャーム 角度スタイルの余弦

上反角スタイルなし 上反角型高調波 上反角スタイルの多調和 上反角スタイル クラス 2 上反角スタイルチャーム

不適切なスタイル なし 不適切なスタイルハーモニック 不適切なスタイルCVFF 不適切なスタイル クラス 2

** 問題を読み込む

データを読み込む data.lj 読み取り再起動 restart.100000

** ベロシティの作成

(使用する場合は、「データの読み取り」または「再起動の読み取り」コマンドの後に指定する必要があります)

グループタイプの作成 1 3 グループ分子を作成する 200 300 グループ領域の作成 0.0 1.0 0.0 1.0 INF 1.0グループの剰余を作成する

回転ゼロ 1

一時均一の作成 300.0 12345678 温度ガウス 300.0 12345678 を作成します。 温度速度を作成 0.0 0.0 0.0

** 力場のパラメータ

(使用する場合は、「データの読み取り」または「再起動の読み取り」コマンドの後に指定する必要があります)

非結合係数 1 2 1.0 3.45 10.0 (非結合スタイル lj/カットオフ) 非結合係数 1 2 1.0 3.45 8.0 10.0 (非結合スタイル lj/スムーズ) 非結合係数 1 2 1.0 3.45 2.0 10.0 (非結合スタイル lj/シフト) 非結合係数 1 2 1.0 30.0 2.5 (非結合スタイル ソフト) 非結合係数 1 2 1.0 3.45 10.0 (非結合スタイル クラス 2/カットオフ) 非結合係数 1 2 1.0 3.45 1.0 3.45 (非結合スタイル lj/charmm)

特別な絆 アンバー 特別債 0.0 0.0 0.5

pppmメッシュ 32 32 64 pppmオーダー5 誘電率 1.0

結合係数 1 100.0 3.45 (結合スタイル高調波) ボンド係数 1 30.0 1.5 1.0 1.0 (ボンドスタイルフェーン/標準) 結合係数 1 30.0 1.5 1.0 1.0 0.2 (結合スタイルフェン/シフト)結合係数 1 28.0 0.748308 0.166667 (結合スタイル非線形) 角度係数 1 30.0 108.0 (角度スタイル高調波) 角度係数 1 30.0 108.0 30.0 2.5 (角度スタイルチャーム) 角度係数 1 30.0 (角度スタイルの余弦) 二面角係数 1 10.0 1 3 (二面角調波) 二面体係数 1 2.0 2.0 2.0 2.0 2.0 (二面体スタイル多高調波) 二面角係数 1 2.0 5 180.0 0.5 (二面角スタイルチャーム) 不適切な係数 1 20.0 0.0 (不適切なスタイル高調波) 不適切な係数 1 20.0 10.0 (不適切なスタイル cvff)

** 制約

(使用する場合は、「データの読み取り」または「再起動の読み取り」コマンドの後に指定する必要があります)

スタイルを修正しません スタイル 1 を修正 setforce 0.0 NULL 0.0 スタイル 1 を修正 addforce 1.0 0.0 0.0 スタイル 1 を修正 aveforce 1.0 0.0 0.0 スタイル 1 を修正してスケール変更 300.0 300.0 100 20.0 0.5 修正スタイル 1 フーバー/ドラッグ 50.0 50.0 0.001 修正スタイル 1 ランジュバン 50.0 50.0 0.01 12345 1 1 1 スタイル 1 を修正 バネ力 10.0 NULL NULL 1.0スタイル 1 の修正 ドラッグフォース 10.0 -5.0 NULL 2.0 1.0 修正スタイル 1 シェイク 3 0.001 100

修正 1 原子 200 を割り当てる 割り当て修正 1 分子 50 修正 1 タイプ 2 を割り当てる 割り当て修正 1 リージョン 0.0 1.0 INF INF 0.0 1.0 修正 1 結合タイプ 4 を割り当てる 修正 1 の割り当て アングルタイプ 18 10 修正 1 の残りを割り当てる

** アンサンブルコントロール

(使用する場合は、「データの読み取り」または「再起動の読み取り」コマンドの後に指定する必要があります)

温度制御なし 温度制御リスケール 300.0 300.0 100 20.0 0.5 温度制御交換 300.0 300.0 50 12345678 温度制御ランジュバン 50.0 50.0 0.01 123456 温度制御ノーズ/フーバー 300.0 300.0 0.01

プレスコントロールなし プレス コントロール ノーズ/フーバー xyz 0.0 0.0 0.001 プレスコントロールノーズ/フーバー xz 0.0 10.0 5.0 5.0 0.0 10.0 0.001 プレスコントロール ノーズ/フーバー yz NULL NULL 5.0 5.0 0.0 10.0 0.001 プレスコントロールノーズ/フーバーアニソ 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 10.0 0.001 プレスコントロールノーズ/フーバーアニソ 0.0 0.0 0.0 0.0 NULL NULL 0.001

ボリュームコントロールなし ボリュームコントロール リニア x 0.0 10.0ボリューム コントロール リニア y -1.0 15.0 ボリュームコントロール リニア z -10.0 10.0

** 出力制御

(使用する場合は、「データの読み取り」または「再起動の読み取り」コマンドの後に指定する必要があります)

サーモフラグ50 サーモスタイル0

アトム 100 ファイル名をダンプします ダンプ速度 100 ファイル名 ダンプはファイル名を 100 個強制します

再起動 1000 1 ファイル名 再起動 1000 2 ファイル1 ファイル2 診断拡散 100 ファイル名 3 1.0 -1.0 2.5

** インテグレータ設定

(使用する場合は、「データの読み取り」または「再起動の読み取り」コマンドの後に指定する必要があります)

タイムステップ 1.0 レスパ2 2 4 タイムステップ 0 をリセット

** ミニマイザー設定

(使用する場合は、「データの読み取り」または「再起動の読み取り」コマンドの後に指定する必要があります)

最小スタイル hftn 最小フラグ 10

** シミュレーションを実行する

10000を実行します 最小化 0.0001 9999 50000

----------------------------------------------------------------------- -----------------------------------------------------------------------

** コマンドのアルファベット順リスト:

-----------------------------------------------------------------------角度係数

第1パラメータ = 角度タイプ #
2 番目から N 番目のパラメータ = 係数 1 から N-1
        

係数: 高調波
     (1) K (エネルギー単位)
     (2) シータ (度)
クラス2
     現在「angle coeff」コマンドは有効になっていません
     データファイルで指定する必要があります (「データ読み取り」コマンドを参照)
魅力的です
     (1) K (エネルギー単位)
     (2) シータ (度)
     (3) K_UB (エネルギー/距離^2)
     (4) r_UB(距離)
余弦
     (1) K (エネルギー単位)
        

個々の角度タイプの角度係数を定義 (または上書き)
特定のスタイルに適切な数の係数を使用する
各スタイルの係数の意味については、force_fields.html を参照してください。
これらの係数はデータ ファイルで設定することもできます
「Angle Coeffs」エントリ、最も最近定義されたものによる
係数が使用されます
「データ読み取り」または「読み取り再開」が実行されるまでは、このコマンドを使用できません。
必要な配列にメモリがまだ割り当てられていないため
        

-----------------------------------------------------------------------

アングルスタイル

none = 角度を計算しません高調波 = 調和角 (クラス 1)
class2 = クラス 2 の角度 (および関連する交差項)
チャーム = ハーモニック + ユーリー・ブラッドリー
コサイン = (1 + cos(θ))
        

すべての 3 体項に使用する角度相互作用のスタイルを定義します
「データ読み取り」コマンドの前に使用する必要があります (
デフォルト）「角度係数」エントリの読み取り方法をプログラムに指示します。
データファイル内で
「データ読み取り」コマンドの後に使用すると、スタイルをなしに変更できます。
すべての角度タイプの係数をデータ内で定義する必要があります (または再起動する)
「Angle Coeffs」エントリまたは「angle coeff」によるファイル
実行前のコマンド
        

デフォルト = 高調波

-----------------------------------------------------------------------

修正を割り当てる

最初のパラメータ = 制約番号
2 番目のパラメータ = 原子グループ、結合タイプ、または角度タイプのスタイル
3 番目から N 番目のパラメータ = 係数 1 から N-2
        

スタイル:

原子 = 単一原子
分子 = 特定の分子内のすべての原子
type = 単一原子の種類
領域 = 原子の幾何学的領域
Bondtype = Bondtype (修正スタイル SHAKE への割り当てのみ)
angletype = angletype (固定スタイル SHAKE への割り当てのみ)残り = 拘束されていない原子の残り
        

係数: アトム
      (1) グローバルアトム番号
分子
      (1) 分子番号
タイプ
      (1) 原子の種類
地域
      (1) 領域の x の下限
      (2) 領域の上限 x 境界
      (3) 領域の y の下限
      (4) 領域の y 上限
      (5) 領域の z の下限
      (6) 領域の z 上限
結合タイプ
      (1) 債券の種類
アングルタイプ
      (1) アングルタイプ
      (2) その角度内で使用される結合タイプ
残り
      他のパラメータは必要ありません
        

原子グループまたは結合タイプを特定の制約に割り当てる
特定のスタイルに適切な数の係数を使用する
制約自体はまず、
「スタイルを修正」コマンド
複数の原子グループまたは結合タイプを同じ制約に割り当てることができます。
Bondtype オプションは「Shake」の「fix style」にのみ割り当てることができます。
クラスターのサイズが同じである限り、複数の結合タイプを SHAKEn できます。
アトム数が「fix style」コマンドで説明されている制限を超えていないangletype オプションは「shake」の「fix style」にのみ割り当てることができます。
単一のアングルタイプのみをシェイクでき、使用するように設計されています。
「fix style Bondtype」と組み合わせてサイズ 3 のクラスターを作成します
完全に硬い（水など）
angletype オプションにより、SHAKE 制約時の追加チェックが有効になります。
計算される内容: クラスターのサイズが 3 で、両方の結合が
クラスターは、の 2 番目のパラメーターで指定された結合タイプのものです。
angletype の場合、クラスターは追加の角度で SHAKEn されます。
適切な平衡角を使用して、それを剛体にする拘束
指定された角度タイプに
重要な注意: angletype オプションには追加の影響が 1 つあります。
angletype タイプのどの角度に対しても角度力が計算されないこと
(これらの角度は SHAKEn によって固定されると想定されているため)、したがって
一部の原子ペアの結合が緩んでいると、意図しない動作が発生する可能性があります。
タイプ angletype の角度内には適切な結合タイプがありません。
なぜなら、それらはシェイクされませんが、計算された角度の力も加えられないからです。
スタイル領域の場合、INF の係数は + または - 無限大 (すべての方法) を意味します。
境界線まで）原子は複数の制約に割り当てることができ、制約は
その原子に割り当てられているのと逆の順序で適用されます
(例: 各タイムステップで、原子に割り当てられた最後の修正が適用されます)
最初に適用され、次に最後から 2 番目が 2 番目に適用される、など)
        

-----------------------------------------------------------------------

結合係数

第 1 パラメータ = 結合タイプ #
2 番目から N 番目のパラメータ = 係数 1 から N-1
        

係数: 高調波
     (1) K (エネルギー単位)
     (2) r0 (距離単位)
フェン/スタンダード
     (1) FENE 部分の k (エネルギー/距離^2 単位)
     (2) FENE 部分の r0 (距離単位)
     (3) LJ 部分のイプシロン（エネルギー単位）
     (4) LJ 部分のシグマ (距離単位)
フェネ/シフト
     (1) FENE の k (エネルギー/距離 ^ 2 単位)
     (2) シフト実行後の FENE の r0 (距離単位)
     (3) LJ のイプシロン (エネルギー単位)
     (4) シフト実行後の LJ のシグマ (距離単位)
     (5) デルタシフト距離 (距離単位)
非線形(1) イプシロン（エネルギー単位）
     (2) r0 (距離単位)
     (3) lamda (距離単位)
クラス2
     現在「bond coeff」コマンドは有効になっていません
     データファイルで指定する必要があります (「データ読み取り」コマンドを参照)
        

個々の結合タイプの結合係数を定義 (または上書き)
特定のスタイルに適切な数の係数を使用する
各スタイルの係数の意味については、force_fields.html を参照してください。
これらの係数はデータ ファイルで設定することもできます
「Bond Coeffs」エントリによる、最も最近定義された
係数が使用されます
「データ読み取り」または「読み取り再開」が実行されるまでは、このコマンドを使用できません。
必要な配列にメモリがまだ割り当てられていないため
        

-----------------------------------------------------------------------

ボンドスタイル

  none = 結合を計算しません
  ハーモニック = 調和バネ
  fene/standard = 引力対数項、斥力 LJ
  fene/shift = 結合距離をシフトした fene/standard と同じ
  非線形 = 非線形有限引張ばね (van Swol)
  class2 = クラス 2 ボンドすべての結合原子間で使用する結合相互作用のスタイルを定義します
「データ読み取り」コマンドの前に使用する必要があります (
デフォルト）「債券」の読み方をプログラムに指示します。
データ ファイル内の Coeffs" エントリ (存在する場合)
「データ読み取り」コマンドの後に使用してスタイルを変更できます。
この場合、新しい設定を行うには「bond coeff」コマンドも使用する必要があります。
各結合タイプの係数 (新しいスタイルが「なし」でない場合)
すべての結合タイプの係数をデータ内で定義する必要があります (または再起動する)
「Bond Coeffs」エントリまたは「bond coeff」によるファイル
実行前のコマンド
        

デフォルト = 高調波

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コメント

空白行は無視されます # で始まる行がログ ファイルにエコーされます。 コマンドの場合、最後のパラメータ以降の行のすべてが無視されます。

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クーロンスタイル

第 1 パラメータ = ペアワイズクーロン相互作用のスタイル
2 番目から N 番目のパラメータ = 係数 1 から N-1
        

スタイル:

none = クーロン相互作用は計算されません。
カットオフ = 単純なカットオフを使用しますスムーズ = スムーズにゼロに向かうスイッチ領域を使用します
ewald = 長距離効果に Ewald の合計を使用します
pppm = 長距離エフェクトにはパーティクル メッシュ Ewald を使用します
Charmm/switch = Charmm スイッチを使用してスムーズにゼロに移動します
debye = デバイ/ヒュッケル スクリーニング指数を追加します
        

係数: なし
      他のパラメータは必要ありません
切り落とす
      (1) カットオフ距離 (距離単位)
スムーズ
      (1) インナーカットオフ (距離単位)
      (2) 外側カットオフ (距離単位)
エワルド
      (1) 近接場部分のカットオフ距離（距離単位）
      (2) 精度基準
pppm
      (1) 近接場部分のカットオフ距離（距離単位）
      (2) 精度基準
チャーム/スイッチ
      (1) インナーカットオフ (距離単位)
      (2) 外側カットオフ (距離単位)
別れ
      (1) カットオフ距離 (距離単位)
      (2) カッパ (逆距離単位)
        

特定のスタイルに適切な数の係数を使用する
通常、このコマンドは「データの読み取り」または「再起動の読み取り」の前に使用する必要があります。(充電システムをシミュレートする場合) LAMMPS に強制カットオフの大きさを伝えるため
が使用されている場合、「最大カットオフ」コマンドもこれに使用できます。
目的
リスタートファイルには「クーロンスタイル」の選択やカットオフが保存されないため、
これは、再起動から実行するときに入力スクリプトで指定する必要があります
ファイル
このコマンドは、「データの読み取り」または「再起動の読み取り」の後に使用することもできます。
クーロン相互作用のスタイルまたはカットオフを変更する
シミュレートされたシステムに料金がない場合は、「クーロン スタイル なし」を次のように設定する必要があります。
LAMMPS が無駄な非結合作業を行わないようにするため、LAMMPS は
これをあなたに伝えて警告を発します
カットオフ距離はシミュレーション ボックスの寸法より小さくても大きくても構いません
精度基準は「価値の一部」を意味します - 例: 1.0E-4
Ewald および PPPM 精度基準はカットオフと組み合わせて使用​​されます
作業を短距離ルーチンと長距離ルーチンに分割するため
精度基準は、使用される k 空間ベクトルの数を効果的に決定します
エネルギーと力を近似する
PPPM の場合、精度基準によってメッシュ間隔が決まります (「粒子メッシュ」を参照)
指示）
3 次元の周期境界条件は通常、次の条件と組み合わせて使用​​されます。Ewald および PPPM、2-d Ewald/PPPM の「スラブ ボリューム」コマンドを参照
非結合スタイル = lj/shift または非結合スタイルの none 以外のクーロン スタイルは使用できません。
ノンボンドスタイル = ソフト
クーロン スタイル = スムーズは、非結合スタイル = lj/smooth とともに使用する必要があります。
そして両方とも同じ内側と外側のカットオフを使用する必要があります
nonbond style = lj/charmm は、coulomb style = Charmm/switch と一緒に使用する必要があります。
スムース スタイルとチャーム/スイッチ スタイルの場合、外側のカットオフ > 内側のカットオフでなければなりません
スムースおよびチャーム/スイッチ スタイルの場合、内側のカットオフよりも小さい原子ペア
距離は通常のクーロンを使用し、内側と外側の間のペアは平滑化され、
そして、外側のカットオフで電位は 0.0 になります。
スムーズなスタイルのために、力はどこでも連続的に微分可能です
debye スタイルの場合、クーロン関数に exp(-kappa*r) スクリーニングが追加されます。
交流
        

デフォルト = 実単位のカットオフ 10.0
ljユニットのカットオフ2.5
        

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グループを作成する

第 1 パラメータ = 原子群のスタイル
2 番目から N 番目のパラメータ = 係数 1 から N-1
        

スタイル:

タイプ = 原子タイプの範囲
分子 = 分子 ID の範囲
領域 = 原子の幾何学的領域残り = 初期化されていない原子の残り
        

係数:型
      (1) 最も低い原子の種類
      (2) 最も高い原子の種類
分子
      (1) 最小分子ID
      (2) 最大分子ID
地域
      (1) 領域の x の下限
      (2) 領域の上限 x 境界
      (3) 領域の y の下限
      (4) 領域の y 上限
      (5) 領域の z の下限
      (6) 領域の z 上限
残り
      他のパラメータは必要ありません
        

「create temp」コマンドと一緒に使用して原子の速度を初期化します
デフォルトでは、「create temp」コマンドはすべての原子の速度を初期化します。
このコマンドは、初期化を原子のグループに制限します。
このコマンドは、次の「create temp」コマンドに対してのみ有効です。
後続の「create temp」コマンドはすべての原子に適用されます（
「create group」コマンドが再度使用されます）
スタイルタイプの場合、lo-type <= type <= hi-type のようなタイプのアトムのみ
「create temp」で初期化されます
スタイル タイプの場合、1 つのタイプだけを指定したい場合は、lo-type を hi-type と等しくすることができます。スタイル分子の場合、そのような ID # を持つ分子に属する原子のみ
lo-ID <= type <= hi-ID は「create temp」によって初期化されます
スタイル分子の場合、1 つの分子を指定するだけの場合は、lo-ID を hi-ID と等しくすることができます。
スタイル領域の場合、指定された空間領域内の原子のみ
「create temp」で初期化されます
スタイル領域の場合、INF の係数は + または - 無限大 (すべての方法) を意味します。
境界線まで）
スタイルの残りの場合、以前に初期化されていないアトムのみ
「create temp」で初期化されます
        

-----------------------------------------------------------------------

一時的なものを作成する

最初のパラメータ = 温度作成のスタイル
2 番目から N 番目のパラメータ = 係数 1 から N-1
        

スタイル:

均一 = 均一な速度分布
ガウス = 速度のガウス分布
速度 = 各原子に特定の初速度を割り当てる
        

係数: 均一
      (1) 目標 T (温度単位)
      (2) ランダム # シード (0 < シード <= 8 桁)
ガウス
      (1) 目標 T (温度単位)
      (2) ランダム # シード (0 < シード <= 8 桁)
速度(1) x 速度成分 (速度単位)
      (2) y 速度成分 (速度単位)
      (3) z 速度成分 (速度単位)
        

原子の速度を指定された温度に初期化する
特定のスタイルに適切な数の係数を使用する
データまたは再起動ファイルが読み取られるまでは実行できません
デフォルトでは、すべての原子に対して速度が作成されます。これはオーバーライドできます。
最初に「グループ作成」コマンドを使用する
均一スタイルとガウス スタイルの場合、速度は次のように作成されます。
プロセッサに依存しない方式 - 速度は遅くなりますが、同じ初期値が得られます
プロセッサの数に依存しない状態
均一スタイルとガウス スタイルの場合、初期化された原子の運動量は次のようになります。
これもゼロ化されますが、すべての原子が初期化されている場合に限ります。
ユニフォーム スタイルとガウス スタイルの場合、RN は Park/Miller RNG で生成されます
2-D シミュレーションの速度スタイルでは、引き続き Z 速度コンポーネントを指定します。
たとえ無視されても
        

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診断

1 番目のパラメータ = Diagnostic.f ファイルに追加されたユーザー ルーチンのネームタグ
2 番目のパラメータ = このタイムステップ数ごとにこのユーザー ルーチンを呼び出します3 番目のパラメータ = このルーチンの診断出力のファイル名
4 番目のパラメータ = 残りのパラメータの数 (0 ～ 5)
5 ～ 9 番目のパラメータ = ユーザー ルーチンに渡すオプションのパラメータ
        

この数のタイムステップごとにユーザー定義の診断ルーチンを呼び出します
このコマンドを複数回使用して、異なるルーチンを呼び出すことができます。
異なる周波数で、異なるパラメータを使用し、
出力を別のファイルに送信する
2 番目のパラメータの値 0 は、この特定のルーチンを決して呼び出さないことを意味します
このコマンドにより、このユーザー ルーチンに関連付けられた以前のファイルがすべて生成されます。
閉店する
新しいファイル名が存在する可能性がありますが、上書きされます
指定されたファイル名が「none」の場合、ファイルは開かれません。
Diagnostic.f に追加され、有効化される各ルーチン
「diagnostic」コマンドは、開始時と終了時に呼び出されます。
各「実行」と実行中の多くのタイムステップごと
必要な変更については、diagnostic.f の *** コメントを参照してください。
このファイルを使用してユーザー診断を有効にするには、LAMMPS を再コンパイルする必要があります
そして再リンクされました
作成方法の詳細については、diagnostic.f ファイルを参照してください。
内部 LAMMPS データを操作し、独自のファイル出力を行うルーチン、状況に応じて、さまざまな操作 (セットアップやクリーンアップなど) を実行します。
いつ呼ばれるかなど
オプションの 5 ～ 9 番目のパラメータは内部 LAMMPS 変数として保存されます
診断ルーチンからアクセスできます
        

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誘電

誘電率をこの値に設定します

デフォルト = 1.0

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上反角係数

第1パラメータ = 二面体タイプ #
2 番目から N 番目のパラメータ = 係数 1 から N-1
        

係数: 高調波
     (1) K (エネルギー単位)
     (2) d (+1 または -1)
     (3) n (1,2,3,4,6)
多高調波
     (1) A_1 (エネルギー単位)
     (2) A_2 (エネルギー単位)
     (3) A_3 (エネルギー単位)
     (4) A_4 (エネルギー単位)
     (5) A_5 (エネルギー単位)
クラス2
     現在、「dihedral coeff」コマンドは有効になっていません
     データファイルで指定する必要があります (「データ読み取り」コマンドを参照)
魅力的です
     (1) K (エネルギー単位)
     (2) n (1,2,3,4,6)(3) d (0 または 180 度) (LAMMPS 内でラジアンに変換)
     (4) 1-4 ネイバーをオン/オフするための重み付け係数
	             非結合相互作用
        

個々の二面体タイプの二面体係数を定義 (またはオーバーライド)
特定のスタイルに適切な数の係数を使用する
各スタイルの係数の意味については、force_fields.html を参照してください。
これらの係数はデータ ファイルで設定することもできます
「Dihedral Coeffs」エントリによる、最も最近定義された
係数が使用されます
「データ読み取り」または「読み取り再開」が実行されるまでは、このコマンドを使用できません。
必要な配列にメモリがまだ割り当てられていないため
        

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上反角スタイル

none = 上反角を計算しません
調和 = 単純調和二面体 (クラス 1)
multiharmonic = 複数の単純調和二面体 (クラス 1)
class2 = クラス 2 の二面体 (および関連する交差項)
Charmm = 単純調和二面体 + Charmm 1-4 相互作用
        

すべての 4 体項に使用する二面体相互作用のスタイルを定義します
「データ読み取り」コマンドの前に使用する必要があります (デフォルト）「二面角」の読み方をプログラムに指示します。
データファイル内の「Coeffs」エントリ
「データ読み取り」コマンドの後に使用すると、スタイルをなしに変更できます。
すべての二面体タイプの係数をデータ内で定義する必要があります (または再起動する)
「Dihedral Coeffs」エントリまたは「Dihedral coeff」によるファイル
実行前のコマンド
        

デフォルト = 高調波

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寸法

3 次元実行の場合は 3 を指定し、2 次元実行の場合は 2 を指定します
        

2 次元実行の場合、「読み取りデータ」ですべての Z 座標が 0.0 に設定されていると仮定します。
「読み取り再起動」ファイルとプログラムは Z 速度を作成しません
このコマンドは、プロセッサ グリッドを 2-D または 3-D のデフォルト値に設定します。
したがって、「プロセッサグリッド」コマンドの前に使用する必要があります
データまたはリスタートファイルを読み取る前に設定する必要があります
        

デフォルト = 3

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アトムをダンプする

最初のパラメータ = タイムステップ数
2番目のパラメータ = ファイル名
        

この回数のタイムステップごとにすべての原子位置をファイルにダンプします
(ミニマイザーが呼び出されるときのこの回数の繰り返しごと)
rRESPA が有効な場合、これは最も外側のループのステップ (最長のタイムステップ)ポジションは各実行の開始時と終了時にもダンプされます
最小化中にダンプすると、すべてのダンプに同じタイムスタンプが付きます。
最小化中にタイムステップは変化しないため、
値 0 はダンプしないことを意味します
以前のファイルは閉じられています
新しいファイル名が存在する可能性がありますが、上書きされます
ダンプ ファイル内の原子の位置は、各次元の「ボックス」単位 (0.0 ～ 1.0) です。
重要な注意事項: 周期的な境界条件が適用される方法により
(近隣リストが再構築される場合のみ)、ダンプに表示される原子座標
ファイルは指定されたボックスのわずかに外側になる可能性があります
        

デフォルト = 0

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ダンプフォース

最初のパラメータ = タイムステップ数
2番目のパラメータ = ファイル名
        

この回数のタイムステップごとにすべての原子力をファイルにダンプします
(ミニマイザーが呼び出されるときのこの回数の繰り返しごと)
rRESPA が有効な場合、これは最も外側のループのステップ (最長のタイムステップ)
力は各実行の開始時と終了時にもダンプされます。
最小化中にダンプすると、すべてのダンプに同じタイムスタンプが付きます。
最小化中にタイムステップは変化しないため、
以前のファイルは閉じられています新しいファイル名が存在する可能性がありますが、上書きされます
値 0 はダンプしないことを意味します
        

デフォルト = 0

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ダンプ速度

最初のパラメータ = タイムステップ数
2番目のパラメータ = ファイル名
        

この回数のタイムステップごとにすべての原子速度をファイルにダンプします rRESPA が有効な場合、これは最も外側のループのステップ (最長のタイムステップ) 速度も各実行の開始時と終了時にダンプされます。 以前のファイルは閉じられています 新しいファイル名が存在する可能性がありますが、上書きされます 値 0 はダンプしないことを意味します

デフォルト = 0

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追加メモリ

  1 番目のパラメータ = extra_own = 所有アトムの割り当てのパディング係数
                              配列
  2 番目のパラメータ = extra_ghost = ゴースト割り当てのパディング係数
                                原子配列
  3 番目のパラメータ = extra_neigh = ネイバー割り当てのパディング係数
                                リスト
  4 番目のパラメータ = extra_buf = 割り当てのパディング係数
                              通信バッファ問題がセットアップされたときにどれだけの追加メモリが割り当てられるかに影響する要因
係数 1.0 はパディングなしを意味します (LAMMPS の推定値を正確に使用します)
必要)、係数 2.0 は 2 倍長い配列を意味します。など
通常、LAMMPS から指示がない限り、デフォルト設定を変更する必要はありません。
実行時に何らかの要素を「ブースト」する
ログ ファイルの最後のセクションには、これらのパラメータの最適な設定がリストされています。
つまり、ジョブはこれらの「追加メモリ」設定で実行された可能性があります
最小限のメモリを使用するはずです
データまたはリスタートファイルを読み取る前に設定する必要があります
        

デフォルト = 4 つのパラメータすべてで 1.5

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スタイルを修正する

最初のパラメータ = 制約番号 (なしを除く)
2 番目のパラメータ = その制約のスタイル
3 番目から N 番目のパラメータ = 係数 1 から N-2
        

スタイル:

none = すべての制約とすべての原子と結合の割り当てを消去します
setforce = グループ内の各原子に力を設定します
addforce = グループ内の各原子に力を追加します
aveforce = すべての原子が次のように原子のグループに外力を適用します。
           原子も同じように加速される
rescale = サーモスタット 速度を再スケールして原子のグループを計算するhoover/drag = サーモスタット フーバー法による原子のグループ
langevin = サーモスタット ランジュバン法による原子のグループ
springforce = グループ内の各原子にバネ力を適用します
ドラッグフォース = グループ内の各原子を指定された位置にドラッグします
シェイク = 特定の結合に結合長の制約を適用し、より長い結合を可能にします
        タイムステップ
        

係数: なし
      他のパラメータは必要ありません (最初のパラメータとして「none」を使用します)
セットフォース
       (1) x 設定力の成分 (力の単位)
       (2) 設定力の y 成分 (力の単位)
       (3) 設定力の z 成分 (力の単位)
追加力
       (1) 追加された力の x 成分 (力の単位)
       (2) 加えられた力の y 成分 (力の単位)
       (3) 加えられた力の z 成分 (力の単位)
エイブフォース
       (1) x 原子あたりの追加平均力の comp (力の単位)
       (2) 原子ごとに追加される平均力の y comp (力の単位)
       (3) 原子ごとに追加される平均力の z comp (力の単位)
リスケール
       (1) 実行開始時に希望する T(2) 実行終了時に希望する T
       (3) この回数のタイムステップごとに再スケーリングをチェックします
       (4) T ウィンドウの外側の速度が再スケールされます。
       (5) 実行する再スケーリングの小数部分の量 (0.0 ～ 1.0)
フーバー/ドラッグ
       (1) 実行開始時に希望する T
       (2) 実行終了時に希望する T
       (3) 抗力の減衰定数 (時間単位のほぼ逆数)
ランジュバン
       (1) 実行開始時に希望する T
       (2) 実行終了時に希望する T
       (3) ランジュバン減衰パラメータ (時間単位の逆数)
       (4) ホワイト ノイズに使用するランダム シード (0 < シード <= 8 桁)
       (5) 0/1 = オフ/オン x 寸法
       (6) 0/1 = y 次元のオフ/オン
       (7) 0/1 = z 次元のオフ/オン
ばね力
       (1)×バネ原点位置
       (2) y位置
       (3) z位置
       (4) 力定数 k (k*距離 = 力の単位となる)
ドラッグフォース
       (1) 原子をドラッグする x 位置
       (2) y位置(3) z位置
       (4) 力の大きさ f (力の単位)
       (5) 外側に力を加えるデルタ (距離単位)
振る
       (1) 各原子クラスター内の SHAKE 反復の最大数
       (2) SHAKEトレランス（トレランス内1部の精度）
       (3) これだけのステップごとに結合統計を出力します (0 = 実行しない)
        

制約を定義する
制約番号をスキップすることはできません。実行を実行する前にすべてを使用する必要があります
特定のスタイルに適切な数の係数を使用する
どの原子または結合に制約が影響するかは、
「修正の割り当て」コマンド
すべての制約(再スケールを除く)がタイムステップごとに適用されます
指定された温度はすべて温度単位です
スタイル setforce の場合、係数 NULL はその力コンポーネントを変更しないことを意味します
aveforce スタイルの場合、固定原子のグループにかかる平均力が計算されます。
次に、新しい平均力が追加され、各原子の実際の力が設定されます。
新しい合計値に -> グループ全体に同じ力を加える効果があります
原子の
サーモスタット制約 (再スケール、フーバー/ドラッグ、ランジュバン) は、グローバルな「温度制御」と結合すると、それらは矛盾し、
原子速度を 2 回リセットする
サーモスタット制約 (再スケール、フーバー/ドラッグ、ランジュバン) は使用できません
最小化を実行するとき
複数のランジュバン制約が指定されている場合、マルサリア RNG は
初期化に指定された最後の RNG シードのみを使用する
リスケールとランジュバン温度調節係数の意味は、
「温度制御」コマンド
リスケールスタイルの場合、粗温度リスケーラーとして使用できます。
たとえば、「rescale 200.0 300.0 100 10.0 1.0」とすると、温度が上昇します。
シミュレーション中に温度を上げ、必要に応じて目標温度にリセットします
リスケール スタイルの場合は、瞬間的なスケールを作成するために使用できます。
振動せずにゆっくりと温度を再スケールする抗力、
たとえば、「rescale 300.0 300.0 1 0.0 0.0001」とすると強制的に（または保持されます）
温度は 300.0、これが発生する時間枠
最後のパラメータを小さくすると長くなります
フーバー/ドラッグ スタイルの場合、ドラッグ力は時間の経過とともに蓄積されるため、
温度の振動が発生する可能性があります。たとえば、
「rescale 300.0 300.0 1 0.0 0.0001」は強制的に（または保持します）温度は 300.0、振動が続く時間枠
最後のパラメータを小さくすると発生時間が長くなります
スタイルのバネ力は原子グループ全体に適用されるように設計されています
一斉に (例: 分子全体に対する傘の力)
springforce スタイルの場合、原子グループの質量中心 r0 が計算されます。
次に、復元力 = -k*(r-r0)*mass/mastotal がそれぞれに適用されます。
グループ内の原子。ここで、mass = 原子の質量、mastotal = 原子の質量
グループ内のすべての原子 - したがって、「k」は合計を表す必要があります
原子のグループにかかる力（原子ごとではない）
springforce スタイルの場合、xyz 位置が NULL の場合、それは含まれないことを意味します。
距離または力の計算における寸法
ドラッグフォース スタイルの場合、大きさ f のドラッグ フォースを各原子に適用します。
r0 = (x,y,z) の方向 (r-r0) にグループ化します。次の場合は力を適用しません。
原子は r0 の距離デルタ以内にあります
Dragforce スタイルの場合、xyz 位置が NULL であることは、その位置が含まれないことを意味します。
距離または力の計算における寸法
シェイク スタイルの場合、システム内の特定の結合がタイムステップごとに制約されます。平衡の長さになるように、これは SHAKE のような動きを適用することで行われます。
原子にかかる力を制限して、次の原子の位置が
タイムステップは原子の間隔を維持します
シェイク スタイルの場合、小さなクラスター内の原子のみを拘束できます -
例えば水の分子、CH3 グループは含まれますが、C 骨格は含まれません。
長いポリマー鎖 - クラスターは中心原子として定義されます
制約された結合によってクラスター内の他のユーザーと接続されています。
制約された結合によって結合 - このようなクラスターの最大サイズは
4 つのアトムにより並列化が容易になります
シェイク スタイルの場合、最大反復回数は大きくする必要はありません (例: 3)。
反復はクラスター内でのみ実行され、すぐに収束します。
どのような制約が使用できるかについては、「minimize」コマンドを参照してください。
ミニマイザーを使って
rRESPA の場合に制約がどのように適用されるかについては、「respa」コマンドを参照してください。
タイムステップが有効になっています
        

デフォルト = なし

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不適切な係数

1 番目のパラメータ = 不適切な型 #
2 番目から N 番目のパラメータ = 係数 1 から N-1
        

係数: 高調波
     (1) K (エネルギー単位)
     (2) カイ (度)CVFF
     (1) K (エネルギー単位)
     (2) d (+1 または -1)
     (3) n (0,1,2,3,4,6)
クラス2
     現在、「不正な coeff」コマンドは有効になっていません
     データファイルで指定する必要があります (「データ読み取り」コマンドを参照)
        

個々の不適切な型に対して不適切な係数を定義 (またはオーバーライド)
特定のスタイルに適切な数の係数を使用する
各スタイルの係数の意味については、force_fields.html を参照してください。
これらの係数はデータ ファイルで設定することもできます
「Improper Coeffs」エントリ、最も最近定義されたものによる
係数が使用されます
「データ読み取り」または「読み取り再開」が実行されるまでは、このコマンドを使用できません。
必要な配列にメモリがまだ割り当てられていないため
        

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不適切なスタイル

none = 不適切なものは計算されません
高調波 = 高調波不適合
cvff = cvff が不適切 (クラス 1 のバリアント)
class2 = クラス 2 ウィルソン機外
        

すべての三角形の中心に使用する不適切な相互作用のスタイルを定義する
クラス 2 の場合、角度-角度項がすべての項目に含まれるように指示します。
三角形と四面体の中心高調波の角度は不適切なねじれ、クラス 2 の角度はウィルソン面外です
「データ読み取り」コマンドの前に使用する必要があります (
デフォルト）「不適切な」の読み方をプログラムに指示します。
データファイル内の「Coeffs」エントリ
「データ読み取り」コマンドの後に使用すると、スタイルをなしに変更できます。
すべての不適切なタイプの係数をデータ内で定義する必要があります (または再起動する)
「不適切な係数」エントリまたは「不適切な係数」によるファイル
実行前のコマンド
        

デフォルト = 高調波

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最大カットオフ

あらゆる実行で使用される最長の力のカットオフを指定します。
この値は、メモリを正確に割り当てるために LAMMPS によって使用されます。
隣接するアレイの場合
値が不正確な場合 (コマンドが使用されていない場合など)、それは問題ではありません。
エラーが発生しましたが、LAMMPS が近隣リストに不十分なメモリを割り当てる可能性があります
通常、「非結合スタイル」と「クーロン スタイル」の場合、このコマンドは必要ありません。
コマンドは「データの読み取り」または「再起動の読み取り」コマンドの前に使用されます。
適切なカットオフを指定します
例外は、最初にショート カットオフが使用される場合です。ただし、その後の実行では、より長いカットオフが使用されます（同じ
入力スクリプト)、この場合、「最大カットオフ」コマンドは次のようにする必要があります。
後の実行に十分なメモリが割り当てられるようにするために使用されます。
リスタート ファイルには非結合カットオフが含まれていることに注意してください (したがって、リスタート ファイルを使用する必要はありません)
「読み取り再起動」の前に「非結合スタイル」コマンドを使用します)、ただし LAMMPS
事前に最大カットオフが何になるかを知る必要があります。
再起動ファイルが読み取られます
データまたはリスタートファイルを読み取る前に設定する必要があります
        

デフォルト = 非結合スタイルとクーロン スタイルのカットオフ

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最小フラグ

この回数の反復ごとに最小化情報を書き出す 値 0 は書き込みを行わないことを意味します

デフォルト = 1

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最小スタイル

hftn = ヘッセ行列を含まない切頭ニュートン法
        

「minimize」コマンドの実行時に使用する最小化アルゴリズムを選択します 現在、使用可能なオプションは hftn スタイルのみです

デフォルト = hftn

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最小化する

1 番目のパラメータ = 停止許容値 (力の単位)2 番目のパラメータ = ミニマイザーの最大反復回数
3 番目のパラメータ = 力またはエネルギー評価の最大数
        

系の原子座標のエネルギー最小化を実行します。
「min style」コマンドで選択されたアルゴリズムを使用します
最小化コマンドには「実行」コマンドを散在させることができます
システムのダイナミクスと緩和を交互に繰り返す
次の 3 つの基準のいずれかが満たされると、最小化は停止します。
(1) 最大力成分 < 停止許容差
(2) 反復数 > 最大反復数
(3) 力とエネルギーの評価数 > 最大評価数
ミニマイザーからの出力は、「ダンプ原子」、「ダンプ力」、
および「再起動」コマンド
ミニマイザーで制約を使用する場合、修正は次のとおりです。
以下を除く原子が移動するときに適用される
温度制御に関連する修正は許可されません
(リスケール、フーバー/ドラッグ、ランジュバン)
ミニマイザーは「スタイルシェイク修正」制約を呼び出しません。
結合長
ミニマイザーは圧力制御または音量制御設定を呼び出しません。
良好な収束のためには、滑らかな非結合力場の使用を指定する必要があります
連続二次導関数を持つもの、例: 「クーロンスタイル」を次のように設定します「smooth」または「pppm」、「nonbond style」を「lj/smooth」に設定、または
長いカットオフを使用する
        

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ミキシングスタイル

1 番目のパラメータ = i-j 非結合を生成するために使用される混合のスタイル
                相互作用
        

スタイル:

イプシロンとシグマの両方の幾何学的 = sqrt(i*j)
算術 = イプシロンの場合は sqrt(i*j)、シグマの場合は (i+j)/2
sixpower = 詳細については、force_fields ファイルを参照してください
        

非結合を生成するために適用される混合ルールの種類を決定する
i 型原子と j 型原子間の相互作用の係数
混合ルールは、非結合係数が次の場合にのみ適用されます。
「読み取りデータ」ファイルに入力
非結合スタイル「ソフト」の場合、イプシロン (プリファクター A) のみが入力されます。
混合スタイルの設定に関係なく、常に幾何学的に混合されます。
非結合スタイル「lj/charmm」の場合、混合スタイルは常に算術です。
ミキシングスタイルの設定に関わらず
データファイルを読み取る前に設定する必要があります
        

デフォルト = を除くすべての非結合スタイルの幾何学的形状
非結合スタイル lj/charmm の算術演算
ノンボンド スタイル クラス 2/カットオフ用の sixpower-----------------------------------------------------------------------
        

近所の人

1 番目のパラメータ = 距離単位での皮膚距離
2 番目のパラメータ = 隣接スタイル: 0 = N^2、1 = ビニング
3 番目のパラメータ = これだけのステップごとに近隣リストを構築します (次を参照)
                パラメータ)
4 番目のパラメータ = 最後からこのステップ数が経過するまでビルドを遅らせる
                建てる
5 番目のパラメータ = ビルド基準: 0 = 常にビルド、1 = 次の場合のみビルド
                一部の原子が表皮の厚さの 1/2 以上移動しました
        

近隣リストがいつどのように構築されるかに影響を与える要因
ビニング スタイルは、ほとんどの場合、N^2 スタイルよりも高速です
スキンは、すべての原子が結合に必要となるのに十分な大きさでなければなりません
インタラクションはプロセッサ間通信によっても取得されます
最後のパラメータでは、テストのための追加のチェックと通信が発生します。
皮膚の厚さは異なりますが、隣接リストの作成頻度が低いことを意味する可能性があります
rRESPA が実行されるとき、3 番目と 4 番目のパラメータは
非結合 (短距離) タイムステップ
通常、このコマンドはデータまたは再起動ファイルが読み取られる前に使用する必要があります。皮膚距離は、必要なメモリを推定するために使用されるため、
近隣リスト
このコマンドは、「データ読み取り」または「再起動読み取り」コマンドの後にも使用できます。
隣接リスト構築のスタイルを変更しますが、
スキン距離が変更されると、LAMMPS が隣接するものを使い果たす可能性があります
リストメモリの場合、「最大カットオフ」コマンドを使用してこれを回避できます。
問題
        

デフォルト = 2.0 1 1 10 1 (実単位)
0.3 1 1 10 1 (lj 単位の場合)
        

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ニュートン旗

結合力および非結合力の計算に関するニュートンの第 3 法則をオフまたはオンにします

値 = 0 = どちらにもニュートンの第 3 法則は適用されません
値 = 1 = 結合された計算のみのニュートンの第 3 法則
値 = 2 = 非結合計算のみのニュートンの第 3 法則
値 = 3 = 結合および非結合の両方に対するニュートンの第 3 法則
            計算
        

ニュートンの第 3 法則がないということは、力の計算が増え、コミュニケーションが減ることを意味します
はい、ニュートンの第 3 法則は、力の計算が減り、コミュニケーションが増えることを意味します。
どちらの選択がより高速であるかは、N、プロセッサ数、
およびカットオフ長丸め誤差が発生することを想定しており、このフラグを設定しても答えには影響しません。
実行時間のみ
データまたはリスタートファイルを読み取る前に設定する必要があります
        

デフォルト = 3

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非結合係数

1 番目のパラメータ = 1 番目の原子タイプ
2 番目のパラメータ = 2 番目の原子タイプ
3 番目から N 番目のパラメータ = 係数 1 から N-2
        

係数: lj/カットオフ
       (1) イプシロン（エネルギー単位）
       (2) シグマ (距離単位)
       (3) カットオフ (距離単位)
lj/スムーズ
       (1) イプシロン（エネルギー単位）
       (2) シグマ (距離単位)
       (3) インナーカットオフ (距離単位)
       (4) 外側カットオフ (距離単位)
lj/シフト
       (1) イプシロン（エネルギー単位）
       (2) シグマ (距離単位)
       (3) デルタシフト距離 (距離単位)
       (4) カットオフ (距離単位)
柔らかい
       (1) 実行開始時のプリファクター A (エネルギー単位)
       (2) 実行終了時のプリファクター A (エネルギー単位)
       (3) カットオフ (距離単位)
クラス2/カットオフ
       (1) イプシロン（エネルギー単位）(2) シグマ (距離単位)
       (3) カットオフ (距離単位)
lj/チャーム
       (1) イプシロン（エネルギー単位）
       (2) シグマ (距離単位)
       (3) 1 ～ 4 の相互作用のイプシロン (エネルギー単位)
       (4) 1 ～ 4 の相互作用のシグマ (距離単位)
        

個々の原子タイプのペアの非結合係数を定義 (または上書き)
特定のスタイルに適切な数の係数を使用する
1 番目の原子タイプは 2 番目の原子タイプ以下である必要があります
すべてのカットオフはローカル シグマ単位ではなくグローバル単位で表されます
(例: 換算単位での「lj/カットオフ 1.0 1.2 2.5」の設定は、
1.2*2.5 ではなく 2.5 のカットオフ）
を設定して、特定のタイプ ペアの相互作用をオフにします。
カットオフを 0.0 に設定 (lj/smooth オプションでは両方のカットオフがゼロ)
ソフト スタイルの場合、プリファクター A は開始値から
実行中の終了値
これらの係数 (カットオフを除く) はデータ ファイルでも設定できます。
「非結合係数」エントリおよび関連する混合ルールによって、カットオフは次のようになります。
「nonbond style」コマンドを介して（グローバルに）設定できます。
最近定義された係数/カットオフが使用されます「データ読み取り」または「読み取り再開」が実行されるまでは、このコマンドを使用できません。
必要な配列にメモリがまだ割り当てられていないため
        

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ノンボンドスタイル

1 番目のパラメータ = ペアごとの非結合相互作用のスタイル (以外)
                クーロンビック)
2 番目から N 番目のパラメータ = 係数 1 から N-1
        

スタイル:

none = 非結合相互作用は計算されません。
lj/カットオフ = カットオフのあるLJ
lj/smooth = スムーズにゼロに向かう切り替え領域を含む LJ
lj/shift = 粒子間距離をシフトした lj/cutoff と同じ
ソフト = 時間変化するプリファクターを使用したコサイン ポテンシャル
クラス2/カットオフ
lj/charmm = 滑らかにゼロに向かうcharmmスイッチ領域を含むLJ
        

係数: なし
      他のパラメータは必要ありません
lj/カットオフ
      (1) カットオフ (距離単位)
      (2) オフセットフラグ(0または1)
lj/スムーズ
      (1) インナーカットオフ (距離単位)
      (2) 外側カットオフ (距離単位)
lj/シフト
      (1) カットオフ (距離単位)
      (2) オフセットフラグ(0または1)
柔らかい(1) カットオフ (距離単位)
クラス2/カットオフ
      (1) カットオフ (距離単位)
      (2) オフセットフラグ(0または1)
lj/チャーム
      (1) インナーカットオフ (距離単位)
      (2) 外側カットオフ (距離単位)
        

すべての原子タイプ間で使用するペアごとの非結合相互作用のスタイルを定義します
特定のスタイルに適切な数の係数を使用する
これは電荷相互作用とは別のものです (「クーロン スタイル」コマンドを参照)
通常、このコマンドは「データの読み取り」の前に使用する必要があります。
LAMMPS にどのくらいの大きさの力のカットオフが使用されているかを伝えるには、
「最大カットオフ」コマンドもこの目的に使用できます。
リスタート ファイルから実行する場合、リスタート ファイルには非結合が含まれます。
スタイルと非結合カットオフ (ただし、オフセット フラグは除く) であるため、多くの場合、
「read restart」の前に「nonbond style」コマンドを使用する必要はありません。
ただし、LAMMPS は最大カットオフが何になるかを知る必要があります。
リスタートファイルが読み取られる前に、「最大カットオフ」コマンドを参照してください。
詳細については
このコマンドは、「データの読み取り」または「再起動の読み取り」の後に使用することもできます。
非結合相互作用のスタイルおよび/またはカットオフを変更するカットオフ距離はシミュレーション ボックスの寸法より小さくても大きくても構いません
非結合スタイルは、プログラムが期待する非結合係数の数を決定します。
データ ファイルの「Nonbond Coeffs」エントリ内、または
「nonbond coeff」コマンド。したがって、スタイルを設定する必要があります（デフォルトを使用しない場合）。
「データ読み取り」コマンドを使用する前に (データ ファイルに
「Nonbond Coeffs」エントリ）または「nonbond coeff」コマンド
すべての原子タイプのペアの係数をデータで定義する必要があります (または再起動する)
ファイルの前に「Nonbond Coeffs」エントリまたは「nonbond coeffs」コマンドによってファイルを作成します。
実行が実行される
このコマンドは、すべてのタイプ ペアの相互作用のカットオフを設定します。
「nonbond coeff」コマンドによって以前の設定を上書きする、または
データまたはリスタートファイルから読み込まれたもの
lj/カットオフ、lj/シフト、class2/カットオフ スタイルの場合、
オフセット フラグは熱力学エネルギーの出力にのみ影響します
(力や力学ではなく)、エネルギーをオフセットするかどうかを決定します
カットオフ = 0.0 での値を作成するために LJ ポテンシャルに加算されます。
flag = 0 -> オフセットエネルギーを追加しません。
flag = 1 -> オフセットエネルギーを追加します
lj/smooth および lj/charmm スタイルの場合、外側のカットオフは内側のカットオフより大きくなければなりませんlj/smooth および lj/charmm スタイルの場合、内側のカットオフより小さい原子ペア
距離は直線 LJ を使用し、内側と外側の間のペアは滑らかな LJ を使用します。
 そして、外側のカットオフで電位は 0.0 になります。
lj/smooth および lj/charmm スタイルの場合、エネルギーと力は内側で連続します。
 カットオフし、外側のカットオフでスムーズにゼロになります
lj/shift およびソフト スタイルの場合、「クーロン スタイル」を「なし」に設定する必要があります。
lj/charmm スタイルの場合、「coulomb style」を「charmm/switch」、「pppm」に設定する必要があります。
 または「エワルド」
lj/shift スタイルの場合、各原子ペアのデルタ シフト距離は次のように設定されます。
データファイル内の「Nonbond Coeffs」エントリ、または「nonbond coeffs」コマンドによる
ソフト スタイルの場合、1 から増加するプレファクター「A」の値
実行中に別の値に設定され、「Nonbond Coeffs」エントリによって設定されます。
データファイル内、または「nonbond coeffs」コマンドによって
        

デフォルト = lj/カットオフ 10.0 実単位の場合は 0
lj/カットオフ 2.5 0 lj ユニットの場合
        

-----------------------------------------------------------------------

周期性

第 1 パラメータ = x 方向の周期 BC (0) はい、(1) いいえ
2 番目のパラメータ = y 方向の周期的 BC (0) はい、(1) いいえ3 番目のパラメーター = z 方向の周期的 BC (0) はい、(1) いいえ
        

3 次元のいずれかで周期性をオン/オフにします
粒子間の距離の計算と粒子が移動するときに使用されます。
それらを周期ボックスにマッピングし直す (またはマッピングしない)
2 次元実行 (「dimension」コマンドを参照) の場合、3 番目のパラメータは次のようにする必要があります。
指定しますが、0か1かは関係ありません
データまたはリスタートファイルを読み取る前に設定する必要があります
        

デフォルト = 0 0 0 (すべての次元で周期的)

-----------------------------------------------------------------------

pppmメッシュ

1 番目のパラメータ = x 方向のメッシュ点の数
2 番目のパラメータ = y 方向のメッシュ点の数
3 番目のパラメータ = Z 方向のメッシュ点の数
        

「クーロンスタイルpppm」で使用するメッシュサイズを指定します。
FFT では 2 のべき乗のメッシュ次元が最速ですが、どのサイズでも可能です
ネイティブ マシン ライブラリでサポートされているものを使用できます
このコマンドはオプションです。使用しない場合はデフォルトです。
メッシュ サイズは精度基準を満たすように選択されます - 使用する場合、
指定されたメッシュ サイズはデフォルトをオーバーライドします
        

-----------------------------------------------------------------------

pppmオーダー「クーロン」で使用される補間関数の次数を指定します。
style pppm」を使用してパーティクルの電荷をパーティクル メッシュにマッピングします
次数は、ポイント チャージのメッシュ ポイントの数にほぼ相当します。
それぞれの次元で重なり合う
        

デフォルト = 5

-----------------------------------------------------------------------

プレスコントロール

1 番目のパラメータ = 圧力制御のスタイル
2 番目のパラメータ = 圧力カップリング
3 ～ 9 番目のパラメータ = coeff 1 ～ 7
        

スタイル:

none = コントロールなし (一定の音量)
ノーズ/フーバー = ノーズ-フーバー定数 P
        

カップリング:

xyz = 3 次元すべてを結合します (等方性)
xy または yz または xz = 2 つの次元を結合し、他は独立しています
aniso = 3 つの次元すべてが独立しています (異方性)
        

係数: なし
     他のパラメータは必要ありません
鼻/フーバーxyz
     (1) 実行開始時に希望する P
     (2) 実行終了時の望ましい P
鼻/フーバー xy または yz または xz または aniso
     (1) 実行開始時の目的の Px (または NULL、以下を参照)
     (2) 実行終了時に希望する Px
     (3) 実行開始時に必要な Py(4) 実行終了時に必要な Py
     (5) 実行開始時の望ましい Pz
     (6) 実行終了時の望ましい Pz
     (7) ボリューム調整用の周波数定数（時間単位の逆数）
        

一定圧力シミュレーションを可能にする
指定された圧力はすべて圧力単位です
圧力制御によって変化する寸法は周期的でなければなりません
xyz カップリングの場合、3 次元すべてが均一に伸縮します
全スカラー圧力を駆動力として使用
xy/yz/xz カップリングの場合、指定された 2 つの寸法が一緒に伸縮します
これら 2 つの次元で平均化された圧力成分を均一に使用します。
原動力として指定外の寸法が伸縮します
圧力成分を独立して駆動力として使用
異方性の場合、3 次元すべてが個別に伸縮します。
3 つの原動力としての個々の圧力成分
すべての場合において、シミュレーション ボックスは直線のままです (パリネロ-ラーマンではありません)。
結合された寸法の場合、指定された P 値は同じである必要があります
結合されていない次元 (例: xy オプションの次元 z、または任意の次元)aniso オプションの場合)、指定された圧力として 2 つの NULL 値を持つことができます。
これは、その次元 (一定容積) では圧力制御を適用しないことを意味します。
実行中の中間点での目標圧力は傾斜値です
開始圧力と終了圧力の間
ノーズ/フーバー スタイルの場合、周波数定数は逆の「ピストン」のようなものです。
圧力に応じて圧力がどのくらい速く変動するかを決定する質量。
復元力、大きな周波数 -> 小さな質量 -> 急速な変動
ノーズ/フーバー スタイルの場合、周波数/減衰定数の単位は次のとおりです。
逆時間なので、値 0.001 は、あるタイムスパンでリラックスすることを意味します。
1000 fmsec (実単位) または 1000 タウ (LJ 単位) のオーダー
重要な注意: LAMMPS の P の計算には次の要素は含まれません。
長距離ファンデルワールス補正、これにより既知の
修正後、定数 P シミュレーションを実行するとエラーが発生しました
ボックスのサイズが変化すると係数も変化します
        

デフォルト = なし

-----------------------------------------------------------------------

プロセッサグリッド

  最初のパラメータ = x 次元のプロセッサの数
  2 番目のパラメータ = y 次元のプロセッサの数
  3 番目のパラメータ = Z 次元のプロセッサの数物理シミュレーション ドメインにマップするプロセッサの 3 次元グリッドを指定します
2 次元問題の場合は、N x M x 1 グリッドを指定します
プログラムはプロセッサ グリッドを物理的に最適にマップするためにこれらの値を選択します。
シミュレーション ボックス。プログラムの選択をオーバーライドする場合にのみこのコマンドを使用します。
3 つのパラメータの積はプロセッサの合計数と等しくなければなりません
データまたはリスタートファイルを読み取る前に設定する必要があります
        

デフォルト = なし

-----------------------------------------------------------------------

読み取りデータ

指定されたファイルから初期原子位置と結合情報を読み取ります
データ ファイルの形式はファイル data_format で指定されます。
「Velocities」エントリがデータ ファイルにない場合、すべての原子速度
0.0に設定されています
データ ファイルに「Coeffs」エントリがある場合、適切な「style」コマンド
通知するには、最初にコマンドを使用する必要があります(デフォルト設定が使用されていない場合)。
LAMMPS 期待される係数の数
「非結合係数」エントリには、それぞれの係数セットが 1 つだけ含まれます。
原子タイプ。読み込まれた後、混合ルールが適用されます。
クロスタイプ係数を計算します。「混合スタイル」コマンドを参照してください。
詳細については、data_format ファイルを参照してください-----------------------------------------------------------------------
        

読み取り再開

指定されたファイルから原子と力場の情報を読み取る
前回の実行の継続が可能
ファイルはバイナリであるため、正確な再起動が可能です
同じ数のプロセッサで再起動する必要はありませんが、正確な再起動のみが可能です。
丸めのため同じ数のプロセッサで再起動します
リスタートファイルの読み取り時に、特定のパラメータの場合に警告が発行されます。
再起動ファイル内の設定が現在の設定と一致しません (例: newton フラグ、
寸法、周期性、単位) - これは通常、エラーを示します
リスタート ファイルには「非結合スタイル」と多体スタイルが保存されます。
係数とカットオフを定義するため、これらを
変更しない限り、入力スクリプト
リスタートファイルには「クーロンスタイル」の選択やカットオフが保存されないため、
これは入力スクリプトで再指定する必要があります
リスタート ファイルには、生成された各アトムの制約割り当てが保存されます。
「assign fix」コマンドを使用しても、制約は保存されません。
パラメータそのものなので、「スタイルを修正」して再指定する必要があります。
再起動ファイルが読み取られた後のコマンド - これに対する 1 つの例外は、SHAKE 制約 (bondtype または angletype) は、
アトムなので、両方で再起動を実行する場合は再指定する必要があります。
「fix style」コマンドと「assign fix」コマンド
        

-----------------------------------------------------------------------

タイムステップをリセットする

タイムステップをこの値に明示的にリセットします
「read data」および「read restart」コマンドはタイムステップをゼロに設定します
とファイル値をそれぞれ指定するため、これはこれらのコマンドの後に実行する必要があります。
        

-----------------------------------------------------------------------

レスパ

1 番目のパラメータ = 結合力をすべてのパラメータに対して何度も計算します
                3/4ボディフォースコール
2 番目のパラメータ = 3/4 ボディの力をすべてのパラメータに対して何度も計算します
                非結合（短距離）強制呼び出し
3 番目のパラメーター = 非結合 (短距離) 強制を何度も計算します
                長距離強制通話 1 回ごとに
        

rRESPA 階層内の力計算のサブサイクルに影響を与える要因
結合分子内力は最も内側のサブタイムステップごとに計算されます
3 体および 4 体結合力は、第 1 パラメータのサブタイムステップごとに計算されます。短距離非結合ペアワイズ力 (LJ、クーロン) は、次の間隔で計算されます。
(2 番目のパラメータ * 1 番目のパラメータ) サブタイムステップ
長距離 (Ewald、PPPM) 力は、次の間隔で計算されます。
(3 番目のパラメータ * 2 番目のパラメータ * 1 番目のパラメータ) サブタイムステップ
3 つの内側ループ (結合、3/4 ボディ、非結合) すべてのタイムステップが実行されます。
長距離タイムステッピング ループ内のサブサイクルとして
最速（最も内側）のタイムステップ サイズは「timestep」コマンドで設定されます
rRESPA の実行時、タイムステップ数を指定するすべての入力コマンド
(例: run、thermo flag、restart など) 最も外側のループを参照します。
長距離タイムステップの
このルールの唯一の例外は「neighbor」コマンドです。
パラメータは、短範囲 (非結合) タイムステップを参照します。
制約を使用する場合 (「スタイルの修正」および「修正の割り当て」コマンド経由)
rRESPA では、setforce および aveforce 制約が毎回適用されます。
階層のレベル (力が計算されるときはいつでも)、その他
制約は短距離 (非結合) レベルでのみ適用されます
rRESPAで「温度制御ランジュバン」を使用すると、サーモスタットが適用されます
短距離（非結合）レベルでrRESPAは「固定スタイルシェイク」では使用できません
3 つのパラメータをすべて 1 に設定すると、rRESPA がオフになります
        

デフォルト = 1 1 1 (rRESPA なし)

-----------------------------------------------------------------------

再起動

最初のパラメータ = タイムステップ数
2 番目のパラメータ = 1 または 2 = リスタート ファイルの命名規則
3 番目 (および 4 番目) のパラメータ = ファイル名
        

この回数のタイムステップごとにリスタートファイルを作成します
値 0 は作成しないことを意味します
スタイルが 1 の場合、再起動情報がファイルに書き込まれます。
filename.timestep という名前で、4 番目のパラメータは必要ありません
スタイルが 2 の場合、再起動情報が交互にファイルに書き込まれます。
3 番目と 4 番目のパラメータで指定されるため、リスタート ファイルは 2 つだけ存在します。
ミニマイザーが呼び出されると、このコマンドは再起動ファイルを作成することを意味します
最小化の最後にファイル名 filename.timestep.min が付けられます。
リスタートファイルは原子と力場の情報をバイナリ形式で保存します
プログラムを中断したところから再開できるようにします (「read restart」コマンドを参照)
        

デフォルト = 0

-----------------------------------------------------------------------

バージョンを再起動しますLAMMPS の古いバージョンからのリスタート ファイルが読み込まれることを LAMMPS に伝えます
「読み取り再起動」コマンド経由
古い再起動ファイルの形式が異なるため、このコマンドが必要です
有効な設定は 2001 (LAMMPS 2001)、2000 (LAMMPS 2000)、
6 (ランプス 99) または 5 (ランプス 5.0)
以前のバージョンの LAMMPS からの再起動ファイルは、
いくつかのソースコードの変更
再起動ファイルは常に現在のバージョンの形式で書き出されます
この設定に関係なく
これは、「read restart」コマンドを実行する前に設定する必要があります。
        

デフォルト = コードの現在のバージョン

-----------------------------------------------------------------------

回転ゼロ

原子グループの速度を作成するときに角運動量をゼロにする 値 0 はゼロ化しないことを意味し、値 1 はゼロを意味します。

デフォルト = 0

-----------------------------------------------------------------------

走る

指定されたタイムステップ数でダイナミクスを実行または継続します
rRESPA が有効な場合、これは最も外側のループのステップ (最長のタイムステップ)
「データの読み取り」または「読み取りの再開」を実行している必要があります
最初に命令する
        

-----------------------------------------------------------------------スラブ体積

2-d スラブ Ewald/PPPM を呼び出し、この比率で拡張スラブ ボリュームを設定します
2 次元スラブ Ewald/PPPM は、x-y で周期的な系に使用できます。
でもzではない
この比率は、z 次元でのスラブ間の相互作用を弱めます。
スラブ間に空のボリュームを設けて除去することにより、
双極子のスラブ間相互作用
比率の値は、z 方向の拡張次元のサイズを で割ったものです。
z の実際の寸法
推奨される比率値は 3.0 です。大きいほど効率が悪く、小さいほど
望ましくないスラブ間の相互作用のリスク
2 次元スラブ Ewald/PPPM を使用する場合、z 方向の周期性は
オフになっている - 例:周期性 0 0 1
2-d スラブ Ewald/PPPM を使用する場合、ユーザーは粒子の移動を防止する必要があります
初期の Z 境界を超える (通常は壁を提供する)
2-d スラブ Ewald/PPPM は静電的にのみ使用できます
中立システム
2 次元スラブ Ewald/PPPM は、（現時点では）定数でのみ使用できます
体積シミュレーション (圧力制御なし) - 圧力計算
(熱力学データとして印刷) にはスラブ補正は含まれません
拡張された Z 方向の係数または体積補正
データまたはリスタートファイルを読み取る前に設定する必要がありますデフォルト = なし (通常の 3-D Ewald/PPPM)
        

-----------------------------------------------------------------------

特別債券

チャーム (0.0 0.0 0.0)
琥珀 (0.0 0.0 0.5/0.8333)
最初のパラメータ = 1 ～ 2 個の近傍に適用される非結合重み
2 番目のパラメータ = 1 ～ 3 の近傍に適用される非結合重み
3 番目のパラメーター = 1 ～ 4 の近傍に適用される非結合重み
        

原子ペアの非結合相互作用をオン/オフにする重み付け係数。
分子トポロジーでは「近い」
1 ～ 2 個の隣接原子は、結合によって接続された 1 対の原子です
1 ～ 3 個の隣接原子は 2 ホップ離れた原子のペアなどです。
重みの値は 0.0 ～ 1.0 で、次の値を乗算するために使用されます。
2 つの原子間のエネルギーと力の相互作用 (クーロンと LJ の両方)
重み 0.0 は相互作用がないことを意味します
重み 1.0 は完全なインタラクションを意味します
単一のキーワード (charmm、amber) を指定するか、指定することができます。
3つの数値
Charmm キーワードを使用すると、CHARMM 力フィールドを使用することになります。
0.0 0.0 0.0 の設定、ペア固有の 1 ～ 4 の相互作用が必要
個別に読み込むことができます (「dihedral style Charmm」コマンドを参照)
amber キーワードを使用することは、AMBER 力場を使用することを意味します設定は 0.0 0.0 N、ファンデルワールス 1 ～ 4 相互作用の場合は N = 0.5
クーロン 1-4 相互作用の場合は 1.0/1.2
        

デフォルト = CHARMM 強制フィールド値 0.0 0.0 0.0

-----------------------------------------------------------------------

温度制御

第 1 パラメータ = 温度制御のスタイル
2 番目から N 番目のパラメータ = 係数 1 から N-1
        

スタイル:

なし = 制御なし
rescale = 瞬時の再スケーリング
replace = ガウス置換
ランジュバン = ランジュバン ホワイト ノイズ
ノーズ/フーバー = ノーズ-フーバー定数 T
        

係数: なし
      他のパラメータは必要ありません
リスケール
      (1) 実行開始時に希望する T
      (2) 実行終了時に希望する T
      (3) この回数のタイムステップごとに再スケーリングをチェックします
      (4) T ウィンドウの外側の速度が再スケールされます。
      (5) 実行する再スケーリングの小数部分の量 (0.0 ～ 1.0)
交換する
      (1) 実行開始時に希望する T
      (2) 実行終了時に希望する T
      (3) この回数のタイムステップごとにガウス置換を実行します(4) 置換に使用するランダムなシード数 (0 < シード <= 8 桁)
ランジュバン
      (1) 実行開始時に希望する T
      (2) 実行終了時に希望する T
      (3) ランジュバン減衰パラメータ (時間単位の逆数)
      (4) ホワイト ノイズに使用するランダム シード (0 < シード <= 8 桁)
鼻/フーバー
      (1) 実行開始時に希望する T
      (2) 実行終了時に希望する T
      (3) 摩擦力の周波数定数（時間単位の逆数）
        

一定温度シミュレーションを可能にする
特定のスタイルに適切な数の係数を使用する
指定された温度はすべて温度単位です
実行中の中間点の目標温度は傾斜した値です
開始温度と終了温度の間
再スケール スタイルの場合、温度は明示的に再スケールすることによって制御されます。
目標温度に向かう速度
再スケール スタイルの場合、再スケールは現在の温度が以下の場合にのみ実行されます。
目標温度プラスまたはマイナスウィンドウ値を超える
再スケール スタイルの場合、再スケールの量は分数によって制御されます。
量 (0.0 ～ 1.0)、例:値 0.5 は速度を設定することを意味します現在の温度と目標温度の中間まで
リスケールスタイルの場合、粗温度リスケーラーとして使用できます。
たとえば、「rescale 200.0 300.0 100 10.0 1.0」とすると、温度が上昇します。
シミュレーション中に温度を上げ、必要に応じて目標温度にリセットします
リスケール スタイルの場合は、瞬間的なスケールを作成するために使用できます。
振動せずにゆっくりと温度を再スケールする抗力、
たとえば、「rescale 300.0 300.0 1 0.0 0.0001」とすると強制的に（または保持されます）
温度は 300.0、これが発生する時間枠
最後のパラメータを小さくすると長くなります
置換スタイルには、マルサリア RNG のガウス RN が使用されます
ランジュバン スタイルの場合、マルサリア RNG の均一 RN が使用されます。
置換スタイルとランジュバン スタイルの場合、シードは
マルサリア RNG、連続実行で RNG は継続します
置換スタイルとランジュバン スタイルの場合、生成される RN はプロセッサの数に依存します。
したがって、プロセッサの数に関係なく同じ答えは得られません
置換スタイルとランジュバン スタイルの場合、RNG 状態はリスタート ファイルに保存されません。
したがって正確な再起動はできません
ランジュバン形式の場合、減衰パラメータは小さい値を意味します -> 減衰が小さくなりますノーズ/フーバースタイルの場合、周波数定数は逆数のようなものです
温度の上昇速度を決定する「ピストン」の質量
復元力に応じて変動、周波数が大きい →
小さな質量 -> 急速な変動
ノーズ/フーバー スタイルの場合、ラン終了 T の 0.0 は使用できません。有限である必要があります。
ランジュバン スタイルとノーズ/フーバー スタイルの場合、周波数/減衰定数の単位は次のとおりです。
逆時間なので、値 0.01 は、あるタイムスパンでリラックスすることを意味します。
100 fmsec (実単位) または 100 tau (LJ 単位) のオーダー
        

デフォルト = なし

-----------------------------------------------------------------------

サーモフラグ

この回数のタイムステップごとに熱力学情報を画面とログ ファイルに出力します 値 0 は印刷しないことを意味します

デフォルト = 0

-----------------------------------------------------------------------

サーモスタイル

画面とログ ファイルへの熱力学出力の形式を決定します

style = 0 -> 標準出力 - エントリごとに約 5 行
style = 1 -> 出力の削減 - エントリごとに 1 行
style = 2 -> クラス 2 用語を使用した出力 - エントリごとに約 8 行
        

デフォルト = 0

-----------------------------------------------------------------------

タイムステップMD 実行のタイムステップ サイズ (時間単位) rRESPAが有効な場合、タイムステップサイズは最も内側の(結合)ループのものになります。

デフォルト = 1.0

-----------------------------------------------------------------------

真のフラグ

原子位置の読み取り (「データ読み取り」コマンドを参照) と原子位置のダンプ
(「dump atoms」コマンドを参照) 2 つの形式のいずれか
        

flag = 0 -> 原子位置のみの読み取り/ダンプ (周期ボックスに再マッピング)
flag = 1 -> 原子位置と整数ボックス数をダンプします
flag = 2 -> 原子位置と整数ボックス数を読み取ります
flag = 3 -> 原子位置と整数ボックス数の読み取り/ダンプ
        

各次元のボックス数「n」は、多くのボックスの長さを追加することを意味します
再マッピングされていない「真の」位置を取得するには、「n」は正、負、またはゼロにすることができます。
データまたはリスタートファイルを読み取る前に設定する必要があります
        

デフォルト = 0

-----------------------------------------------------------------------

単位

リアルかLJか
        

後続のすべての入力パラメータの単位を 2 つのオプションのいずれかに設定します

オプション real = 従来の単位:

距離 = オングストローム
時間 = フェムト秒
質量 = グラム/モル
温度 = K度
圧力 = 大気圧エネルギー = Kcal/モル
速度 = オングストローム/フェムト秒
力 = グラム/モル * オングストローム/フェムト秒^2
        

オプション lj = LJ 削減単位:

距離 = シグマ
時間 = LJ タウの減少
温度 = 低下した LJ 温度
圧力 = 減圧された LJ 圧力
エネルギー = イプシロン
速度 = シグマ/タウ
力 = 減少した LJ 力 (σ/タウ^2)
        

LJ ユニットの場合、LAMMPS はグローバル イプシロン、シグマ、質量をすべて 1.0 に設定します。
データおよびコマンド ファイルの後続の入力数値はこれらの単位である必要があります
画面、ログ、ダンプ ファイルに出力される数値はこれらの単位になります。
このコマンド (表示される場合) は、(
コメント) 入力スクリプト内
データまたはリスタートファイルを読み取る前に設定する必要があります
        

デフォルト = 実数

-----------------------------------------------------------------------

ボリュームコントロール

1番目のパラメータ = ボリュームコントロールのスタイル
2 番目のパラメータ = 制御する次元 (x,y,z)
3 番目から 4 番目のパラメータ = この次元における下限/上限シミュレーション ボックスの境界
        

スタイル:

  none = どの次元にも変化がない (一定の体積)
  線形 = 均一な膨張または収縮シミュレーション中にボリューム変更 (密度変更) を有効にする
指定されたボックスの境界は距離単位です
各次元は個別に制御されます
「音量制御」コマンドで指定されていない寸法はそのままにすることができます
単独（一定量または非周期的）、または次のものによって制御されます。
「プレスコントロール」コマンド
ボリュームコントロールによって変化する寸法は周期的である必要があります
lo/hi の値は、次の場所での望ましいグローバル シミュレーション ボックスの境界です。
シミュレーション実行の終了
各タイムステップで、ボックスは最初から均一に拡大/縮小されます。
lo/hi 値から指定された終了 lo/hi 値まで
初期の lo/hi 値がデータまたはリスタート ファイルで指定されている、または
前回の実行の終了から継承
各タイムステップで、すべての原子座標も新しいボックスに合わせてスケールされます。
        

デフォルト = なし