歴史

これは LAMMPS 各バージョンで追加された機能の簡単な年表です。

** LAMMPS 2001 - 2001 年 11 月

F90 + MPI 版コード
        

動的メモリ対応。param.h の設定調整が不要になり、「extra memory」コマンドで追加制御
        

一部の入力スクリプトコマンドの実行順序を変更（input_commands ファイルを参照）
        

追加コマンド: 「extra memory」「maximum cutoff」「restart version」
「angle coeff」「dihedral coeff」「improper coeff」
「volume control」「slab volume」「rotation zero」
        

コマンドの意味や構文を変更:
「special bonds」「fix style rescale」「fix style hoover/drag」
「temp control rescale」「press control」「restart」
        

削除コマンド: 「log file」「press_x control」（y, z も）
        

「nonbond style lj/charmm」「coulomb style charmm/switch」
「angle style charmm」「dihedral style charmm」で CHARMM 力場との整合性を向上
（Mark Stevens と Paul Crozier の貢献）
        

CHARMM 互換性のため 1-4 相互作用のデフォルト重みを 0.0 に変更。
AMBER 互換性のため「special bonds amber」オプションを追加
        

ゴースト原子と周期境界条件の処理を刷新。箱サイズより大きなカットオフを許容し、
近傍ビニングの高速化を実現。ビンによる近傍リスト構築をデフォルト化
        

データ／再始動ファイルのブロック入力に対応し、多くの MPI 実装で高速化
（Mathias Puetz の貢献）
        

データファイルに Velocities セクションを追加し、各原子の初期速度を設定可能に
（data_format ファイル参照）
        

圧力制御を温度制御から切り離し、定エンタルピー圧力（NPH）シミュレーションを実現。
これにより rescale や Langevin などの温度制御を定圧条件と併用可能に
（Mark Stevens の貢献）
        

「temp control」および「fix style rescale」の温度リスケールに
新たな割合パラメータを追加し、微調整から強制的な制御まで選択可能に
        

crib.html を廃止。すべての変数のドキュメントは global.f を参照
        

2 次元スラブ向け Ewald および PPPM オプションを追加
（入力コマンド「slab volume」参照、Paul Crozier の貢献）
        

多重調和二面角および cvff 不正規角ポテンシャルを追加
（Mathias Puetz の貢献）
        

小規模原子クラスタ向け SHAKE 拘束を追加。「fix style shake」
および「assign fix bondtype」コマンド参照
        

「restart」コマンドでステップ番号付き再始動ファイル出力や 2 つのファイル切り替えをサポート
        

他の MD プログラム形式との相互変換ツールを追加・更新:
msi2lmp（John Carpenter が更新）、
lmp2arc（John Carpenter より）、
amber2lammps & dump2trj（Keir Novik の Python スクリプト）
        

LAMMPS データおよび再始動ファイル生成・加工ツール:
setup_lj、setup_flow_2d、setup_chain、peek_restart、restart2data、replicate
        

** LAMMPS 99 - 1999 年 6 月

最大限の移植性を目指した全 MPI 版（F77 + C + MPI）
        

PPPM を 1 種類に統合（従来の 2 種類のうち優れた方を採用）
        

PPPM が移植性の高い FFT とデータ再マッピングルーチンを使用し、C + MPI で実装。
非 2 の冪のプロセッサ数やグリッドサイズでも利用可能に
        

シミュレーションボックスのプロセッサ自動マッピング
        

未使用・不要なコマンド（bdump, log file, id string, limit）を削除
        

コマンド構文を簡素化・統一（input commands を参照）
        

ユーザ診断ルーチン呼び出し方法を簡略化
        

ドキュメントを HTML 形式へ移行
        

** バージョン 5.0 - 1997 年 10 月

クラス II 力場を最終版に更新（Eric Simon の貢献）
        

NVE、NVT、NPT、rRESPA 積分器を新形式に刷新（Mark Stevens の貢献）
        

DISCOVER 力場ファイルのみで動作する新しい msi2lmp 前処理ツール
（Steve Lustig の貢献）
        

エネルギー最小化器（ヘッセ行列フリー切断ニュートン法）
（Todd Plantenga の貢献）
        

新しい圧力制御と拘束機能（Mark Stevens の貢献）
        

データファイルを再生成する replicate ツールを追加
        

** バージョン 4.0 - 1997 年 3 月

クラス II 力場の初版を導入（Eric Simon の貢献）
        

高速な新 PPPM ソルバ（newpppm、Roy Pollock の貢献）
        

rRESPA を追加（Mark Stevens の貢献）
        

データファイル形式を刷新
        

新たな拘束・診断機能
        

msi2lmp 前処理ツールを追加（Steve Lustig の貢献）
        

** バージョン 3.0 - 1996 年 3 月

より汎用的な力場形式
        

原子／グループ拘束
        

LJ 単位系と結合ポテンシャル
        

スムージングされた LJ ポテンシャルオプション
        

Langevin サーモスタット
        

ニュートンの第 3 法則オプション
        

ユーザ提供診断ルーチン用フック
        

** バージョン 2.0 - 1995 年 10 月

ドリフトを引き起こしていた速度初期化のバグを修正
        

長距離クーロン相互作用用 PPPM を導入（Roy Pollock の貢献）
        

定温定圧（NPT）を追加（Mark Stevens の貢献）
        

** バージョン 1.1 - 1995 年 2 月

長距離クーロン相互作用用 Ewald 法（Roy Pollock の貢献）
        

完全なニュートン第 3 法則（通信量が 2 倍に）
        

原子位置と速度の出力
        

再始動ファイル対応
        

** バージョン 1.0 - 1995 年 1 月

短距離の結合・非結合力
        

部分的なニュートン第 3 法則
        

Velocity-Verlet 積分器