Open DEM Japan

最重要の相互作用モデルのPDFは全て作成しました. その他に関しても重要だと思われるものは作成し, 9 割程度作成が終わっています.

LIGGGHTS ソースファイル索引

Model ファイル

■ LIGGGHTS-PUBLIC   ■ LIGGGHTS-INL   ■ LIGGGHTS-PFM   ■ PICI-LIGGGHTS   ■ LIGGGHTS Flexible Fibers

normal_model: 法線モデル

ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
normal_model_base.h 法線方向モデル基底 ✓ ✓ ✓ ✓ h
normal_model_c2.h C² 連続高次ばね ✓ h tex pdf
normal_model_edinburgh.h Edinburgh 実験に基づく剛性補正 ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
normal_model_edinburgh_stiffness.h Edinburgh 剛性のみ拡張版 ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
normal_model_hertz.h ヘルツ弾性 Fn ∝ δ¹·⁵ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
normal_model_hertz_break.h ヘルツ＋破断判定付き ✓ h tex pdf
normal_model_hertz_lubricated.h 潤滑膜を考慮したヘルツ ✓ h tex pdf
normal_model_hertz_stiffness.h スケール調整ヘルツ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
normal_model_hertz_wet.h 湿潤ヘルツ（液架橋併用） ✓ h tex pdf
normal_model_hooke.h 線形フック Fn ∝ δ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
normal_model_hooke_break.h フック＋破断判定 ✓ h tex pdf
normal_model_hooke_hysteresis.h フック履歴（塑性） ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
normal_model_hooke_stiffness.h 剛性調整フック ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
normal_model_hooke_stiffness_collheat.h 衝突発熱を追跡するフック ✓ h tex pdf
normal_model_hysteretic_nonlinear1.h 非線形履歴モデル #1 ✓ h tex pdf
normal_model_hysteretic_nonlinear2.h 非線形履歴モデル #2 ✓ h tex pdf
normal_model_jkr.h 完全 JKR 粘着弾性 (cfdem.com) ✓ ✓ ✓ h tex pdf
normal_model_luding.h Luding の弾塑性接触 ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
normal_model_thornton_ning.h Thornton-Ning 弾塑性＋付着 ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf

tangential_model: 接線方向

ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
tangential_model_base.h 接線モデル基底 ✓ ✓ ✓ ✓ h
tangential_model_history.h Mindlin-Deresiewicz 履歴せん断 (cfdem.com) ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
tangential_model_history_lubricated.h 潤滑版 Mindlin 履歴 ✓ h tex pdf
tangential_model_hysteretic_nonlinear.h 非線形履歴せん断 ✓ h tex pdf
tangential_model_incremental_history.h インクリメンタル履歴更新 ✓ h tex pdf
tangential_model_jkr_tan.h JKR に整合したせん断 (github.com) ✓ ✓ h tex pdf
tangential_model_luding_tn.h Luding せん断 ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
tangential_model_no_history.h クーロン即時すべり ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf

rolling_model: 回転摩擦

ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
rolling_model_base.h 転がり抵抗モデル基底 ✓ ✓ ✓ ✓ h pdf
rolling_model_cdt.h CDT 弾性ばね＋クーロントルク ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
rolling_model_cdt_jkr.h CDT＋JKR 粘着半径を考慮 (github.com) ✓ ✓ h tex pdf
rolling_model_cdtnonlinear2.h 非線形 CDT ✓ h tex pdf
rolling_model_epsd.h EPSD 弾塑ばね-減衰モデル (cfdem.com) ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
rolling_model_epsd2.h EPSD 改良版 (cfdem.com) ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
rolling_model_epsd3.h EPSD 第3版 ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
rolling_model_luding.h Luding 転がり抵抗 ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf

cohesion_model: 付着力モデル

ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
cohesion_model_base.h 凝着モデル共通の基底クラス ✓ ✓ ✓ ✓ h
cohesion_model_bond.h 線形ボンドばねで接着力を付与 ✓ h tex pdf
cohesion_model_bond_nonlinear.h 非線形ボンドばねによる接着 ✓ h tex pdf
cohesion_model_capillary.h 単純液架橋キャピラリ力を追加 (cfdem.com) ✓ h tex pdf
cohesion_model_easo_capillary_viscous.h キャピラリ＋粘性抵抗 (Easo) (cfdem.com, sources.debian.org) ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
cohesion_model_hamaker.h ハマーカー定数によるファンデルワールス引力 (cfdem.com) ✓ h tex pdf
cohesion_model_morse.h モースポテンシャル型の短距離凝着 ✓ h tex pdf
cohesion_model_sjkr.h 簡易 JKR 粘着モデル (cfdem.com) ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
cohesion_model_sjkr2.h SJKR の改良版 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
cohesion_model_washino_capillary_viscous.h Washino 液架橋＋粘性モデル (cfdem.com, cfdem.com) ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf

contact_model: 接触モデル

ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
contact_model_base.h contact model 抽象基底 ✓ ✓ ✓ ✓ h
contact_model_constants.h モデル共通パラメータ定義 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h

surface_model: 表面モデル

ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
surface_model_base.h 表面形状モデル基底 ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
surface_model_default.h 完全球表面処理 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
surface_model_multicontact.h 多点接触検出 ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
surface_model_roughness.h 表面粗さ補正 ✓ h tex pdf
surface_model_superquadric.h 超二次曲面の接触検出 (cfdem.com) ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
surface_model_superquadric_orthogonal.h 上記の直交版 (cfdem.com) ✓ h tex pdf

その他_model

ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
style_contact_model.h LAMMPS style 登録マクロ ✓ h
wear_model_archard.h Archard 摩耗モデル (cfdem.com) ✓ h

Model ファイル以外

■ LIGGGHTS-PUBLIC   ■ LIGGGHTS-INL   ■ LIGGGHTS-PFM   ■ PICI-LIGGGHTS   ■ LIGGGHTS Flexible Fibers

cfd 連成

cfd_*** ファイルは外部 CFD 計算と連成するためのインターフェースです。
ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
cfd_datacoupling.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp
cfd_datacoupling.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp
cfd_datacoupling_file.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp
cfd_datacoupling_file.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp
cfd_datacoupling_mpi.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp
cfd_datacoupling_mpi.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp
cfd_datacoupling_one2one.cpp ✓ h cpp
cfd_datacoupling_one2one.h ✓ h cpp
cfd_datacoupling_simple.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h
cfd_regionmodel.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h
cfd_regionmodel_none.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp
cfd_regionmodel_none.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp

comm 通信

comm*** ファイルは並列計算時の通信処理を担います。
ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
comm.cpp comm.cppはMPI並列DEMで空間分割、ゴースト同期バッファ管理、リング通信を実装し、高効率な粒子同期を実現します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
comm.h comm.cppはMPI並列DEMで空間分割、ゴースト同期バッファ管理、リング通信を実装し、高効率な粒子同期を実現します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
comm_I.h 直交格子かつ半径情報有りでg=1、ヘヴィサイド関数で直交境界、法線内積でくさび境界を判定し、g=1時は半径分バッファを拡張します。 ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
comm_brick.cpp CommBrickはゴースト幅と通信層深さを計算し、PBC・粒径最適化で境界判定、MPI Sendrecvと逆通信で力を戻す通信アルゴリズムです。 ✓ h cpp tex pdf
comm_brick.h CommBrickはゴースト幅と通信層深さを計算し、PBC・粒径最適化で境界判定、MPI Sendrecvと逆通信で力を戻す通信アルゴリズムです。 ✓ h cpp tex pdf
comm_cuda.cpp ✓ h cpp
comm_cuda.h ✓ h cpp
comm_tiled.h ✓ h tex
commgrid.cpp ✓ h cpp
commgrid.h ✓ h cpp

compute

compute_*** ファイルは温度・エネルギー等の物理量を計算する Compute クラスです。
ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
compute_ackland_atom.cpp ✓ h cpp
compute_ackland_atom.h ✓ h cpp
compute_angle_local.cpp compute_angle_local.cppでは、最小像条件下で三体角度θとポテンシャルエネルギーEを算出し、MPIプロセスごとにローカルバッファへ格納します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_angle_local.h compute_angle_local.cppでは、最小像条件下で三体角度θとポテンシャルエネルギーEを算出し、MPIプロセスごとにローカルバッファへ格納します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_angmom.cpp compute_angmom.cppでは慣性モーメントと角速度から粒子ごとの角運動量ノルムを算出し、MPIで全ランク合計します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_angmom.h compute_angmom.cppでは慣性モーメントと角速度から粒子ごとの角運動量ノルムを算出し、MPIで全ランク合計します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_atom_molecule.cpp 粒子の任意スカラーを分子IDで集約し、MPI_Allreduceによる並列縮約で分子ごとのスカラー（または行列）を生成します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_atom_molecule.h 粒子の任意スカラーを分子IDで集約し、MPI_Allreduceによる並列縮約で分子ごとのスカラー（または行列）を生成します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_basal_atom.cpp ✓ h cpp
compute_basal_atom.h ✓ h cpp
compute_body_local.cpp ✓ h cpp
compute_body_local.h ✓ h cpp
compute_bond_counter.cpp compute_bond_counter.cppでは、粒子―粒子／粒子―壁ボンドの生成・破壊・総数を二重カウント排除のうえMPIで集計・出力します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_bond_counter.h compute_bond_counter.cppでは、粒子―粒子／粒子―壁ボンドの生成・破壊・総数を二重カウント排除のうえMPIで集計・出力します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_bond_local.cpp compute_bond_local.cppではローカル結合情報を最小像原理で距離計算し、ポテンシャルと結合力を評価して配列に格納します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_bond_local.h compute_bond_local.cppではローカル結合情報を最小像原理で距離計算し、ポテンシャルと結合力を評価して配列に格納します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_centro_atom.cpp 最近接原子のベクトル和ノルム平方を小さい順に半数合計してCSPを評価します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_centro_atom.h 最近接原子のベクトル和ノルム平方を小さい順に半数合計してCSPを評価します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_cluster_atom.cpp compute_cluster_atom.cppではカットオフで隣接粒子をグラフ化し、ラベル伝搬でクラスタ同定します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_cluster_atom.h compute_cluster_atom.cppではカットオフで隣接粒子をグラフ化し、ラベル伝搬でクラスタ同定します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_cna_atom.cpp compute_cna_atom.cppでは粒子ごとに近接集合と共通近接集合を求め、結合数・次数からタプルを作成し、CNA規則で結晶構造を判定します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_cna_atom.h compute_cna_atom.cppでは粒子ごとに近接集合と共通近接集合を求め、結合数・次数からタプルを作成し、CNA規則で結晶構造を判定します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_com.cpp compute_com.cppでは、指定グループ内の粒子質量と座標から質量中心を算出し、結果を各成分で返します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_com.h compute_com.cppでは、指定グループ内の粒子質量と座標から質量中心を算出し、結果を各成分で返します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_com_molecule.cpp compute_com_molecule.cppは各分子の質量とアンラップ座標をMPI_Allreduceで集約し、重心を求めます。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_com_molecule.h compute_com_molecule.cppは各分子の質量とアンラップ座標をMPI_Allreduceで集約し、重心を求めます。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_contact_atom.cpp compute_contact_atom.cppでは、ネイバーリストで粒子間接触を判定し、MPI逆通信で接触数を集約します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_contact_atom.h compute_contact_atom.cppでは、ネイバーリストで粒子間接触を判定し、MPI逆通信で接触数を集約します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_contact_atom_gran.cpp compute_contact_atom_gran.cppは、近接リストとスキン幅、接触履歴を用いて粒子間接触数を対称に計算し、ゴースト逆通信で集約します。 ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_contact_atom_gran.h compute_contact_atom_gran.cppは、近接リストとスキン幅、接触履歴を用いて粒子間接触数を対称に計算し、ゴースト逆通信で集約します。 ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_coord_atom.cpp ComputeCoordAtomはカットオフ距離と型フィルタで近接原子数を算出し、mix指定で異種粒子のみを数えます。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_coord_atom.h ComputeCoordAtomはカットオフ距離と型フィルタで近接原子数を算出し、mix指定で異種粒子のみを数えます。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_crosssection.cpp 粒子系を軸方向に等間隔スライスし、円板の凸包面積から断面半径を算出。半径変化から自由表面の傾斜角を求めます。 ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_crosssection.h 粒子系を軸方向に等間隔スライスし、円板の凸包面積から断面半径を算出。半径変化から自由表面の傾斜角を求めます。 ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_damage_atom.cpp ✓ h cpp
compute_damage_atom.h ✓ h cpp
compute_dihedral_local.cpp 4粒子の座標から双面角をatan2で算出し、度数法で出力します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_dihedral_local.h 4粒子の座標から双面角をatan2で算出し、度数法で出力します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_displace_atom.cpp 周期境界を考慮し初期実座標との差分から粒子ごとの変位ベクトルとそのノルムを計算します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_displace_atom.h 周期境界を考慮し初期実座標との差分から粒子ごとの変位ベクトルとそのノルムを計算します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_erotate.cpp compute_erotate は球・マルチスフィア・超楕円体の各慣性テンソルと角速度から E=½ ωᵀI ω を計算し、全粒子の回転エネルギーを総和して出力します。 ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_erotate.h compute_erotate は球・マルチスフィア・超楕円体の各慣性テンソルと角速度から E=½ ωᵀI ω を計算し、全粒子の回転エネルギーを総和して出力します。 ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_erotate_asphere.cpp 非球形粒子の慣性モーメントと角速度から各形状（楕円体・棒・多面体）ごとに回転エネルギーを算出し、全体を集計します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_erotate_asphere.h 非球形粒子の慣性モーメントと角速度から各形状（楕円体・棒・多面体）ごとに回転エネルギーを算出し、全体を集計します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_erotate_multisphere.cpp 複数球体粒子の重心慣性テンソルを構築し、角速度ベクトルから回転運動エネルギーを評価します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_erotate_multisphere.h 複数球体粒子の重心慣性テンソルを構築し、角速度ベクトルから回転運動エネルギーを評価します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_erotate_rigid.cpp 質量中心系の慣性テンソルと角速度から各剛体の回転エネルギーを算出し、全体を合計します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_erotate_rigid.h 質量中心系の慣性テンソルと角速度から各剛体の回転エネルギーを算出し、全体を合計します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_erotate_sphere.cpp 球粒子の慣性モーメント I=2/5 m r²から回転エネルギー E=1/2 I ω²を計算し，mvv2e係数でエネルギー単位に変換します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_erotate_sphere.h 球粒子の慣性モーメント I=2/5 m r²から回転エネルギー E=1/2 I ω²を計算し，mvv2e係数でエネルギー単位に変換します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_erotate_sphere_atom.cpp 球粒子ごとにE=1/5mr²|ω|²·mvv2eで回転エネルギーを評価し、非対象粒子は0にします。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_erotate_sphere_atom.h 球粒子ごとにE=1/5mr²|ω|²·mvv2eで回転エネルギーを評価し、非対象粒子は0にします。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_erotate_superquadric.cpp compute_erotate_superquadric.cppでは、超楕円体粒子の慣性テンソルと角速度の内積で回転エネルギーを算出し、mvv2eでエネルギー単位に変換します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_erotate_superquadric.h compute_erotate_superquadric.cppでは、超楕円体粒子の慣性テンソルと角速度の内積で回転エネルギーを算出し、mvv2eでエネルギー単位に変換します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_event_displace.cpp ✓ h cpp
compute_event_displace.h ✓ h cpp
compute_group_group.cpp 二つの粒子グループ間のLJ・クーロン・Ewald相互作用エネルギーと力を補正込みで評価し、エネルギーと力ベクトルを返します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_group_group.h 二つの粒子グループ間のLJ・クーロン・Ewald相互作用エネルギーと力を補正込みで評価し、エネルギーと力ベクトルを返します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_gyration.cpp 粒子重心基準の半径テンソルと半径平方和（Rg²）をMPIで全ランク集約して算出します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_gyration.h 粒子重心基準の半径テンソルと半径平方和（Rg²）をMPIで全ランク集約して算出します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_gyration_molecule.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_gyration_molecule.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_heat_flux.cpp compute_heat_flux.cppでは、エネルギー×速度の対流項と応力×速度のビリアル項を加算し、MPIで集約した熱流束6成分を返します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_heat_flux.h compute_heat_flux.cppでは、エネルギー×速度の対流項と応力×速度のビリアル項を加算し、MPIで集約した熱流束6成分を返します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_improper_local.cpp compute_improper_local.cppは周期境界下で4原子インプロパーの不斉角χを数値安定に計算します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_improper_local.h compute_improper_local.cppは周期境界下で4原子インプロパーの不斉角χを数値安定に計算します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_inertia_molecule.cpp compute_inertia_molecule.cppは、MPI並列で分子の総質量・重心・慣性テンソルを算出します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_inertia_molecule.h compute_inertia_molecule.cppは、MPI並列で分子の総質量・重心・慣性テンソルを算出します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_ke.cpp compute_ke.cppでは、半ステップ速度対応で粒子並進運動と多球剛体運動エネルギーを算出し、MPIで集約します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_ke.h compute_ke.cppでは、半ステップ速度対応で粒子並進運動と多球剛体運動エネルギーを算出し、MPIで集約します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_ke_atom.cpp compute_ke_atom.cppでは、グループ粒子から剛体粒子を除外し、1/2 κ m |v|²で各原子運動エネルギーを計算・格納します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_ke_atom.h compute_ke_atom.cppでは、グループ粒子から剛体粒子を除外し、1/2 κ m |v|²で各原子運動エネルギーを計算・格納します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_ke_atom_eff.cpp ✓ h cpp
compute_ke_atom_eff.h ✓ h cpp
compute_ke_eff.cpp ✓ h cpp
compute_ke_eff.h ✓ h cpp
compute_ke_multisphere.cpp compute_ke_multisphere.cppでは、マルチスフィア剛体の並進運動エネルギーと回転エネルギーを慣性テンソルを用いて計算し、総和を返します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_ke_multisphere.h compute_ke_multisphere.cppでは、マルチスフィア剛体の並進運動エネルギーと回転エネルギーを慣性テンソルを用いて計算し、総和を返します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_ke_rigid.cpp compute_ke_rigid.cppでは、fix_rigid管理下の剛体クラスタの並進・回転運動エネルギーを合算して返します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_ke_rigid.h compute_ke_rigid.cppでは、fix_rigid管理下の剛体クラスタの並進・回転運動エネルギーを合算して返します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_meso_e_atom.cpp ✓ h cpp
compute_meso_e_atom.h ✓ h cpp
compute_meso_rho_atom.cpp ✓ h cpp
compute_meso_rho_atom.h ✓ h cpp
compute_meso_t_atom.cpp ✓ h cpp
compute_meso_t_atom.h ✓ h cpp
compute_msd.cpp compute_msd.cppは非折り畳み座標から重心補正して変位を算出し、軸別・全空間で平均二乗変位をMPI集約で出力します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_msd.h compute_msd.cppは非折り畳み座標から重心補正して変位を算出し、軸別・全空間で平均二乗変位をMPI集約で出力します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_msd_molecule.cpp compute_msd_molecule.cppは、分子重心の初期位置からの変位を算出し、各成分の二乗変位を評価して出力します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_msd_molecule.h compute_msd_molecule.cppは、分子重心の初期位置からの変位を算出し、各成分の二乗変位を評価して出力します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_msd_nongauss.cpp ✓ h cpp
compute_msd_nongauss.h ✓ h cpp
compute_neighbor_atom.cpp compute_neighbor_atom.cppは距離判定と並列通信で各粒子の隣接粒子数を算出・管理します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_neighbor_atom.h compute_neighbor_atom.cppは距離判定と並列通信で各粒子の隣接粒子数を算出・管理します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_nparticles_tracer_region.cpp compute_nparticles_tracer_region.cppは、指定領域内の粒子・マーク粒子数と質量をMPI集約で計算します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_nparticles_tracer_region.h compute_nparticles_tracer_region.cppは、指定領域内の粒子・マーク粒子数と質量をMPI集約で計算します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_pair.cpp compute_pair.cppでは粒子間のvdWおよびクーロン相互作用エネルギーをMPIで集約して出力します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_pair.h compute_pair.cppでは粒子間のvdWおよびクーロン相互作用エネルギーをMPIで集約して出力します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_pair_gran_local.cpp compute_pair_gran_local.cppは、近接リストから粒子／壁接触を抽出し、δ重なり量計算から力・トルク分解、面積・接触点を評価します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_pair_gran_local.h compute_pair_gran_local.cppは、近接リストから粒子／壁接触を抽出し、δ重なり量計算から力・トルク分解、面積・接触点を評価します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_pair_gran_local_bond.cpp compute_pair_gran_local_bond.cppは、接触履歴から結合接触フラグを判定し、有効な結合接触情報を局所リストに登録します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_pair_gran_local_bond.h compute_pair_gran_local_bond.cppは、接触履歴から結合接触フラグを判定し、有効な結合接触情報を局所リストに登録します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_pair_local.cpp compute_pair_local.cppはカットオフ内の原子ペアを列挙し、距離やエネルギー、力成分など指定値を計算して返します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_pair_local.h compute_pair_local.cppはカットオフ内の原子ペアを列挙し、距離やエネルギー、力成分など指定値を計算して返します。 ✓ h cpp tex pdf
compute_pe.cpp 粒子間・分子内・k空間・テイル・熱力学エネルギーを算出し，MPIで集約して総ポテンシャルエネルギーを出力します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_pe.h 粒子間・分子内・k空間・テイル・熱力学エネルギーを算出し，MPIで集約して総ポテンシャルエネルギーを出力します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_pe_atom.cpp ペア・ボンド・角度・ジヘドラル・インプロパー・k空間のエネルギーを各原子に等分配し，ゴースト原子の集約とグループマスクで最終的な原子別ポテンシャルエネルギーを算出します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_pe_atom.h ペア・ボンド・角度・ジヘドラル・インプロパー・k空間のエネルギーを各原子に等分配し，ゴースト原子の集約とグループマスクで最終的な原子別ポテンシャルエネルギーを算出します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_pe_cuda.cpp ✓ h cpp
compute_pe_cuda.h ✓ h cpp
compute_pressure.cpp 運動論的寄与とビリアル寄与を体積平均し，尾部補正やKSpaceも含むスカラー圧力と圧力テンソルを出力します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_pressure.h 運動論的寄与とビリアル寄与を体積平均し，尾部補正やKSpaceも含むスカラー圧力と圧力テンソルを出力します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_pressure_cuda.cpp ✓ h cpp
compute_pressure_cuda.h ✓ h cpp
compute_property_atom.cpp 位置・速度・質量など37種の原子プロパティをゲート判定し，ローカルMPI領域でバッファへ格納します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_property_atom.h 位置・速度・質量など37種の原子プロパティをゲート判定し，ローカルMPI領域でバッファへ格納します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_property_local.cpp ローカル相互作用集合から属性ベクトル/行列を構築し，動的確保で出力します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_property_local.h ローカル相互作用集合から属性ベクトル/行列を構築し，動的確保で出力します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_property_molecule.cpp 分子IDを列挙し，各分子の原子数をMPIで集約して，バッファとマッピング配列を構築します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_property_molecule.h 分子IDを列挙し，各分子の原子数をMPIで集約して，バッファとマッピング配列を構築します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_rdf.cpp ビン幅Δrで距離ヒストグラムを作成し，MPIで集計・正規化してRDFと配位数を出力します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_rdf.h ビン幅Δrで距離ヒストグラムを作成し，MPIで集計・正規化してRDFと配位数を出力します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_reduce.cpp ユーザ定義グループ内の原子やローカルデータをSUM・MIN・MAX・AVEモードでMPI集約し，スカラーまたはベクトルで返します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_reduce.h ユーザ定義グループ内の原子やローカルデータをSUM・MIN・MAX・AVEモードでMPI集約し，スカラーまたはベクトルで返します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_reduce_region.cpp 指定領域Ω_Rかつグループ内の粒子を対象に，SUM・MIN・MAX・AVEの縮約演算をMPIで行い，スカラー値を返します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_reduce_region.h 指定領域Ω_Rかつグループ内の粒子を対象に，SUM・MIN・MAX・AVEの縮約演算をMPIで行い，スカラー値を返します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_rigid.cpp ユーザ定義グループ内の原子やローカルデータをSUM・MIN・MAX・AVEモードでMPI集約し，スカラーまたはベクトルで返します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_rigid.h ユーザ定義グループ内の原子やローカルデータをSUM・MIN・MAX・AVEモードでMPI集約し，スカラーまたはベクトルで返します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_sauter_diameter.cpp 粒子ごとに球等価径d_i=6V_i/A_iを算出し、グループ内でMPI合計後に平均化してSauter平均径を求めます。 ✓ h cpp tex pdf
compute_sauter_diameter.h 粒子ごとに球等価径d_i=6V_i/A_iを算出し、グループ内でMPI合計後に平均化してSauter平均径を求めます。 ✓ h cpp tex pdf
compute_slice.cpp グローバルベクトル/行列から指定範囲と間隔で要素を抽出し，新たなベクトル/行列を生成します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_slice.h グローバルベクトル/行列から指定範囲と間隔で要素を抽出し，新たなベクトル/行列を生成します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_spec_atom.cpp ✓ h cpp
compute_spec_atom.h ✓ h cpp
compute_stress_atom.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_stress_atom.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_surface.cpp ✓ h cpp tex pdf
compute_surface.h ✓ h cpp tex pdf
compute_temp.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_temp.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
compute_temp_asphere.cpp ✓ h cpp
compute_temp_asphere.h ✓ h cpp
compute_temp_com.cpp ✓ h cpp tex pdf
compute_temp_com.h ✓ h cpp tex pdf
compute_temp_cuda.cpp ✓ h cpp
compute_temp_cuda.h ✓ h cpp
compute_temp_deform.cpp ✓ h cpp tex pdf
compute_temp_deform.h ✓ h cpp tex pdf
compute_temp_deform_eff.cpp ✓ h cpp
compute_temp_deform_eff.h ✓ h cpp
compute_temp_eff.cpp ✓ h cpp
compute_temp_eff.h ✓ h cpp
compute_temp_partial.cpp ✓ h cpp tex pdf
compute_temp_partial.h ✓ h cpp tex pdf
compute_temp_partial_cuda.cpp ✓ h cpp
compute_temp_partial_cuda.h ✓ h cpp
compute_temp_profile.cpp ✓ h cpp tex pdf
compute_temp_profile.h ✓ h cpp tex pdf
compute_temp_ramp.cpp ✓ h cpp tex pdf
compute_temp_ramp.h ✓ h cpp tex pdf
compute_temp_region.cpp ✓ h cpp tex pdf
compute_temp_region.h ✓ h cpp tex pdf
compute_temp_region_eff.cpp ✓ h cpp
compute_temp_region_eff.h ✓ h cpp
compute_temp_rotate.cpp ✓ h cpp
compute_temp_rotate.h ✓ h cpp
compute_temp_sphere.cpp ✓ h cpp tex pdf
compute_temp_sphere.h ✓ h cpp tex pdf
compute_ti.cpp ✓ h cpp
compute_ti.h ✓ h cpp
compute_vacf.cpp ✓ h cpp tex pdf
compute_vacf.h ✓ h cpp tex pdf
compute_velocity_mesh.cpp ✓ h cpp tex pdf
compute_velocity_mesh.h ✓ h cpp tex pdf
compute_voronoi_atom.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp
compute_voronoi_atom.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp
compute_wall_ghosts.cpp ✓ h cpp tex pdf
compute_wall_ghosts.h ✓ h cpp tex pdf

core (domain など)

domain.cpp/h, group.cpp/h, force.cpp/h などコア機能を司るクラスです。
ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
atom.cpp Atomクラスは粒子タグ付与・連続性検査、周期境界折り戻し、空間ビン分割・並べ替え、物性一貫性検査、最適ビンサイズ算出、メモリ・コールバック管理を数式でまとめています。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom.h Atomクラスは粒子タグ付与・連続性検査、周期境界折り戻し、空間ビン分割・並べ替え、物性一貫性検査、最適ビンサイズ算出、メモリ・コールバック管理を数式でまとめています。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_map.cpp atom_map.cppは粒子のグローバルIDとローカル添字間写像を配列・ハッシュ方式で構築・最適化します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ cpp tex pdf
atom_masks.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex
atom_vec.cpp AtomVecクラスは粒子配列を固定ブロック単位で拡張し、速度のビットコピーや結合・角度・二面角・捩れ角情報のパックとファイル出力を担います。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec.h AtomVecクラスは粒子配列を固定ブロック単位で拡張し、速度のビットコピーや結合・角度・二面角・捩れ角情報のパックとファイル出力を担います。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_angle.cpp ✓ h cpp
atom_vec_angle.h ✓ h cpp
atom_vec_angle_cuda.cpp ✓ h cpp
atom_vec_angle_cuda.h ✓ h cpp
atom_vec_atomic.cpp AtomVecAtomicは粒子の位置・速度・力とタグ等を周期境界対応でpack/unpackし、通信・再スタート・メモリ報告を行います。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_atomic.h AtomVecAtomicは粒子の位置・速度・力とタグ等を周期境界対応でpack/unpackし、通信・再スタート・メモリ報告を行います。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_atomic_cuda.cpp ✓ h cpp
atom_vec_atomic_cuda.h ✓ h cpp
atom_vec_body.cpp AtomVecBodyは剛体粒子の位置・姿勢(四元数)・速度・角運動量・慣性等をpack/unpackし、通信・再スタート・メモリ管理を行います。 ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_body.h AtomVecBodyは剛体粒子の位置・姿勢(四元数)・速度・角運動量・慣性等をpack/unpackし、通信・再スタート・メモリ管理を行います。 ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_bond.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp
atom_vec_bond.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp
atom_vec_bond_gran.cpp atom_vec_bond_gran.cppはボンド付き粒子の位置・速度・履歴情報を管理し、通信バッファ詰め・再スタート・メモリ仕様を数式化しています。 ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_bond_gran.h atom_vec_bond_gran.cppはボンド付き粒子の位置・速度・履歴情報を管理し、通信バッファ詰め・再スタート・メモリ仕様を数式化しています。 ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_charge.cpp AtomVecChargeクラスは電荷付き粒子の座標・速度・力・電荷情報をMPI並列で効率的に格納・通信・入出力します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_charge.h AtomVecChargeクラスは電荷付き粒子の座標・速度・力・電荷情報をMPI並列で効率的に格納・通信・入出力します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_charge_cuda.cpp ✓ h cpp
atom_vec_charge_cuda.h ✓ h cpp
atom_vec_convexhull.h ✓ ✓ ✓ ✓ h tex
atom_vec_dipole.cpp ✓ h cpp
atom_vec_dipole.h ✓ h cpp
atom_vec_electron.cpp ✓ h cpp
atom_vec_electron.h ✓ h cpp
atom_vec_ellipsoid.cpp 三軸エリプソイド粒子の形状・質量・慣性モーメント、四元数姿勢表現と動力学更新、通信パック、メモリ拡張を数式で解説しています。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_ellipsoid.h 三軸エリプソイド粒子の形状・質量・慣性モーメント、四元数姿勢表現と動力学更新、通信パック、メモリ拡張を数式で解説しています。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_full.cpp atom_vec_full.cppは分子系アトムの座標・速度・力・電荷・結合情報を動的メモリ管理しMPI通信・再始動出力を数式化しています。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_full.h atom_vec_full.cppは分子系アトムの座標・速度・力・電荷・結合情報を動的メモリ管理しMPI通信・再始動出力を数式化しています。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_full_cuda.cpp ✓ h cpp
atom_vec_full_cuda.h ✓ h cpp
atom_vec_hybrid.cpp ハイブリッド・アトムベクトルは複数スタイルを統合し、フラグ統合・通信要素数算出・PBC補正・メモリ合算を行います。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_hybrid.h ハイブリッド・アトムベクトルは複数スタイルを統合し、フラグ統合・通信要素数算出・PBC補正・メモリ合算を行います。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_line.cpp atom_vec_line.cppでは、2D離散要素法で剛体線分（ロッド）の重心位置・速度・角度・角速度を状態量とし、質量・慣性・運動方程式、通信・メモリ管理を数式で実装しています。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_line.h atom_vec_line.cppでは、2D離散要素法で剛体線分（ロッド）の重心位置・速度・角度・角速度を状態量とし、質量・慣性・運動方程式、通信・メモリ管理を数式で実装しています。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_meso.cpp ✓ h cpp
atom_vec_meso.h ✓ h cpp
atom_vec_molecular.cpp AtomVecMolecularクラスはMPI並列環境で分子粒子の位置・速度・力・トポロジー情報を通信・入出力・メモリ管理します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_molecular.h AtomVecMolecularクラスはMPI並列環境で分子粒子の位置・速度・力・トポロジー情報を通信・入出力・メモリ管理します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_peri.cpp ✓ h cpp
atom_vec_peri.h ✓ h cpp
atom_vec_sph.cpp SPH粒子の位置・速度・密度・圧力・内部エネルギーをカーネル法で離散化し、並列通信まで効率的に実装しています。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_sph.h SPH粒子の位置・速度・密度・圧力・内部エネルギーをカーネル法で離散化し、並列通信まで効率的に実装しています。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_sph_var.cpp 可変半径SPH粒子の状態量（位置・速度・密度・圧力・内部エネ・半径・質量）を管理し、MPI通信で効率的に送受信します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_sph_var.h 可変半径SPH粒子の状態量（位置・速度・密度・圧力・内部エネ・半径・質量）を管理し、MPI通信で効率的に送受信します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_sphere.cpp atom_vec_sphere.cppは球形粒子の位置・速度・半径・質量・慣性・力・トルクを管理し、周期境界通信と速度ベルレ法での時間積分を実装します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_sphere.h atom_vec_sphere.cppは球形粒子の位置・速度・半径・質量・慣性・力・トルクを管理し、周期境界通信と速度ベルレ法での時間積分を実装します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_sphere_omp.cpp ✓ h cpp
atom_vec_sphere_omp.h ✓ h cpp
atom_vec_sphere_w.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ cpp tex
atom_vec_superquadric.cpp スーパークアドリック粒子の幾何形状、質量・慣性、四元数姿勢、通信・時間積分を数式で説明しています。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_superquadric.h スーパークアドリック粒子の幾何形状、質量・慣性、四元数姿勢、通信・時間積分を数式で説明しています。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_tri.cpp 三角形剛体粒子を面積・質量・慣性行列・四元数で表現し，運動方程式や通信処理を数式化しています。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_tri.h 三角形剛体粒子を面積・質量・慣性行列・四元数で表現し，運動方程式や通信処理を数式化しています。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
atom_vec_wavepacket.cpp ✓ h cpp
atom_vec_wavepacket.h ✓ h cpp
domain.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
domain.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
domain_I.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
domain_cuda.cpp ✓ h cpp
domain_cuda.h ✓ h cpp
domain_definitions.h ✓ ✓ ✓ ✓ h tex
domain_omp.cpp ✓ cpp
domain_wedge.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex
domain_wedge_dummy.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex
force.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
force.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
group.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
group.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
group_ndx.cpp ✓ h cpp
group_ndx.h ✓ h cpp
lattice.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
lattice.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf

dump 出力

dump_で始まるファイルはシミュレーション出力を担当するクラスです（例: dump_custom.cpp, dump_xyz.cpp, dump_mesh_vtk.cpp）。
ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
dump_atom.cpp ✓ h cpp tex pdf
dump_atom.h ✓ h cpp tex pdf
dump_atom_vtk.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
dump_atom_vtk.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
dump_cfg.cpp ✓ h cpp tex pdf
dump_cfg.h ✓ h cpp tex pdf
dump_custom.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_custom.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_custom_vtk.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_custom_vtk.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_custom_vtm.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_custom_vtm.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_dcd.cpp ✓ h cpp tex pdf
dump_dcd.h ✓ h cpp tex pdf
dump_decomposition_vtk.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
dump_decomposition_vtk.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
dump_euler_vtk.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
dump_euler_vtk.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
dump_image.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
dump_image.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
dump_local.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_local.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_local_gran.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_local_gran.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_local_gran_vtk.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_local_gran_vtk.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_mesh.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_mesh.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_mesh_stl.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_mesh_stl.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_mesh_vtk.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_mesh_vtk.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_mesh_vtm.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_mesh_vtm.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_molfile.cpp ✓ h cpp
dump_molfile.h ✓ h cpp
dump_movie.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_movie.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_particle.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_particle.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_vtk.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_vtk.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_xtc.cpp ✓ h cpp
dump_xtc.h ✓ h cpp
dump_xyz.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
dump_xyz.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex

error / memory

error.cpp/h と memory.cpp/h はエラー処理と安全なメモリ確保を提供します。
ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
error.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
error.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
error_special.h ✓ ✓ ✓ ✓ h tex
memory.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
memory.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
memory_ns.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf

fix

fix_*** ファイルはシミュレーション中に適用する各種 Fix 操作を実装します。
ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
fix_adapt.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_adapt.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_addforce.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_addforce.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_addforce_cuda.cpp ✓ h cpp
fix_addforce_cuda.h ✓ h cpp
fix_addtorque.cpp ✓ h cpp
fix_addtorque.h ✓ h cpp
fix_airdrag.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_airdrag.h ✓ h cpp tex pdf
fix_append_atoms.cpp ✓ h cpp
fix_append_atoms.h ✓ h cpp
fix_atc.cpp ✓ h cpp
fix_atc.h ✓ h cpp
fix_ave_atom.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_ave_atom.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_ave_correlate.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_ave_correlate.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_ave_euler.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_ave_euler.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_ave_euler_region.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_ave_euler_region.h ✓ h cpp tex pdf
fix_ave_euler_region_universe.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_ave_euler_region_universe.h ✓ h cpp tex pdf
fix_ave_histo.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_ave_histo.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_ave_spatial.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_ave_spatial.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_ave_time.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_ave_time.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_aveforce.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_aveforce.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_aveforce_cuda.cpp ✓ h cpp
fix_aveforce_cuda.h ✓ h cpp
fix_balance.cpp ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_balance.h ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_base_liggghts.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
fix_base_liggghts.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
fix_bond_break.cpp ✓ h cpp
fix_bond_break.h ✓ h cpp
fix_bond_create.cpp ✓ h cpp
fix_bond_create.h ✓ h cpp
fix_bond_create_gran.cpp ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_bond_create_gran.h ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_bond_propagate_gran.cpp ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_bond_propagate_gran.h ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_bond_swap.cpp ✓ h cpp
fix_bond_swap.h ✓ h cpp
fix_box_relax.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_box_relax.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_break_particle.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_break_particle.h ✓ h cpp tex pdf
fix_buoyancy.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
fix_buoyancy.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
fix_calculate_energy_wall.h ✓ ✓ ✓ ✓ h tex
fix_calculate_energy_wall_dissipated.h ✓ h tex
fix_cfd_coupling.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_chemistry.cpp ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_chemistry.h ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_convection.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_convection.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_convection_impl.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_convection_impl.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_convection_species.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_convection_species.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_deform.cpp ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_deform.h ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_dissolve.cpp ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_dissolve.h ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_fluidproperties.cpp ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_fluidproperties.h ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_force.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_force.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_force_implicit.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_force_implicit.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_parttempfield.cpp ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_parttempfield.h ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_recurrence.cpp ✓ h cpp tex
fix_cfd_coupling_recurrence.h ✓ h cpp tex
fix_check_timestep_bond.cpp ✓ h cpp tex
fix_check_timestep_bond.h ✓ h cpp tex
fix_check_timestep_gran.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_check_timestep_gran.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_check_timestep_sph.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_check_timestep_sph.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_chem_shrink.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_chem_shrink.h ✓ h cpp tex pdf
fix_chem_shrink_Arrhenius.cpp ✓ h cpp tex
fix_chem_shrink_Arrhenius.h ✓ h cpp tex
fix_chem_shrink_core.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_chem_shrink_core.h ✓ h cpp tex pdf
fix_chem_shrink_core_single.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_chem_shrink_core_single.h ✓ h cpp tex pdf
fix_colvars.cpp ✓ h cpp
fix_colvars.h ✓ h cpp
fix_contact_atom_counter.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex
fix_contact_atom_counter_dummy.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex
fix_contact_atom_counter_wall.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex
fix_contact_atom_counter_wall_dummy.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex
fix_contact_history.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_contact_history.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_contact_history_mesh.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_contact_history_mesh.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_contact_history_mesh_I.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
fix_contact_property_atom.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_contact_property_atom.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_contact_property_atom_wall.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_contact_property_atom_wall.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_continuum_weighted.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_continuum_weighted.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_deform.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_deform.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_deform_check.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
fix_deform_check.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
fix_deposit.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_deposit.h ✓ h cpp tex pdf
fix_diam_max.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
fix_diam_max.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
fix_domain.cpp ✓ h cpp tex
fix_domain.h ✓ h cpp tex
fix_drag.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_drag.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_dragforce.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_dragforce.h ✓ h cpp tex pdf
fix_dt_reset.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_dt_reset.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_dummy.h ✓ ✓ ✓ ✓ h tex
fix_dummy2.h ✓ ✓ ✓ ✓ h tex
fix_efield.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_efield.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_enforce2d.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_enforce2d.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_enforce2d_cuda.cpp ✓ h cpp
fix_enforce2d_cuda.h ✓ h cpp
fix_evaporate.cpp ✓ h cpp
fix_evaporate.h ✓ h cpp
fix_event.cpp ✓ h cpp
fix_event.h ✓ h cpp
fix_event_prd.cpp ✓ h cpp
fix_event_prd.h ✓ h cpp
fix_event_tad.cpp ✓ h cpp
fix_event_tad.h ✓ h cpp
fix_execute.cpp ✓ h cpp tex
fix_execute.h ✓ h cpp tex
fix_external.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_external.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_fiber_spring_simple.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_fiber_spring_simple.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_forcecontrol_region.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_forcecontrol_region.h ✓ h cpp tex pdf
fix_forcecontrol_region_universe.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_forcecontrol_region_universe.h ✓ h cpp tex pdf
fix_freeze.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_freeze.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_freeze_cuda.cpp ✓ h cpp
fix_freeze_cuda.h ✓ h cpp
fix_gcmc.cpp ✓ h cpp
fix_gcmc.h ✓ h cpp
fix_gld.cpp ✓ h cpp
fix_gld.h ✓ h cpp
fix_gpu.cpp ✓ h cpp
fix_gpu.h ✓ h cpp
fix_gravity.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_gravity.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_gravity_cuda.cpp ✓ h cpp
fix_gravity_cuda.h ✓ h cpp
fix_gravity_omp.cpp ✓ h cpp
fix_gravity_omp.h ✓ h cpp
fix_gravity_partitioned_omp.cpp ✓ h cpp
fix_gravity_partitioned_omp.h ✓ h cpp
fix_group.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_group.h ✓ h cpp tex pdf
fix_heat.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_heat.h ✓ h cpp tex pdf
fix_heat_gran.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_heat_gran.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_heat_gran_conduction.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_heat_gran_conduction.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_heat_gran_radiation.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_heat_gran_radiation.h ✓ h cpp tex pdf
fix_imd.cpp ✓ h cpp
fix_imd.h ✓ h cpp
fix_indent.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_indent.h ✓ h cpp tex pdf
fix_insert.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_insert.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_insert_fragments.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_insert_fragments.h ✓ h cpp tex pdf
fix_insert_pack.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_insert_pack.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_insert_pack_dense.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_insert_pack_dense.h ✓ h cpp tex pdf
fix_insert_pack_face.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_insert_pack_face.h ✓ h cpp tex pdf
fix_insert_pack_face_universe.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_insert_pack_face_universe.h ✓ h cpp tex pdf
fix_insert_rate_region.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_insert_rate_region.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_insert_stream.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_insert_stream.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_insert_stream_moving.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_insert_stream_moving.h ✓ h cpp tex pdf
fix_insert_stream_predefined.h ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
fix_langevin.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_langevin.h ✓ h cpp tex pdf
fix_langevin_eff.cpp ✓ h cpp
fix_langevin_eff.h ✓ h cpp
fix_lb_coupling_onetoone.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_lb_coupling_onetoone.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_lb_fluid.cpp ✓ h cpp
fix_lb_fluid.h ✓ h cpp
fix_lb_momentum.cpp ✓ h cpp
fix_lb_momentum.h ✓ h cpp
fix_lb_pc.cpp ✓ h cpp
fix_lb_pc.h ✓ h cpp
fix_lb_rigid_pc_sphere.cpp ✓ h cpp
fix_lb_rigid_pc_sphere.h ✓ h cpp
fix_lb_viscous.cpp ✓ h cpp
fix_lb_viscous.h ✓ h cpp
fix_limit_property_atom.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_limit_property_atom.h ✓ h cpp tex pdf
fix_limit_vel.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_limit_vel.h ✓ h cpp tex pdf
fix_lineforce.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_lineforce.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_massflow_mesh.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_massflow_mesh.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_massflow_mesh_face.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_massflow_mesh_face.h ✓ h cpp tex pdf
fix_massflow_mesh_face_universe.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_massflow_mesh_face_universe.h ✓ h cpp tex pdf
fix_massflow_mesh_sieve.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_massflow_mesh_sieve.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_mean_free_time.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_mean_free_time.h ✓ h cpp tex pdf
fix_mesh.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_mesh.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_mesh_surface.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_mesh_surface.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_mesh_surface_omp.cpp ✓ h cpp
fix_mesh_surface_omp.h ✓ h cpp
fix_mesh_surface_stress.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_mesh_surface_stress.h ✓ h cpp tex pdf
fix_mesh_surface_stress_6dof.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_mesh_surface_stress_6dof.h ✓ h cpp tex pdf
fix_mesh_surface_stress_contact.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_mesh_surface_stress_contact.h ✓ h cpp tex pdf
fix_mesh_surface_stress_omp.cpp ✓ h cpp
fix_mesh_surface_stress_omp.h ✓ h cpp
fix_mesh_surface_stress_servo.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_mesh_surface_stress_servo.h ✓ h cpp tex pdf
fix_mesh_surface_stress_servo_omp.cpp ✓ h cpp
fix_mesh_surface_stress_servo_omp.h ✓ h cpp
fix_meso.cpp ✓ h cpp
fix_meso.h ✓ h cpp
fix_meso_stationary.cpp ✓ h cpp
fix_meso_stationary.h ✓ h cpp
fix_minimize.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_minimize.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_mixing.h ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
fix_momentum.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_momentum.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_move.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_move.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_move_mesh.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_move_mesh.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_msst.cpp ✓ h cpp
fix_msst.h ✓ h cpp
fix_multicontact_halfspace.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_multicontact_halfspace.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_multisphere.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_multisphere.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_multisphere_advanced.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_multisphere_advanced.h ✓ h cpp tex pdf
fix_multisphere_break.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_multisphere_break.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_multisphere_comm.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ cpp tex pdf
fix_multisphere_comm_I.h ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
fix_neb.cpp ✓ h cpp
fix_neb.h ✓ h cpp
fix_neighlist_mesh.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_neighlist_mesh.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_neighlist_mesh_omp.cpp ✓ h cpp
fix_neighlist_mesh_omp.h ✓ h cpp
fix_nh.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_nh.h ✓ h cpp tex pdf
fix_nh_asphere.cpp ✓ h cpp
fix_nh_asphere.h ✓ h cpp
fix_nh_cuda.cpp ✓ h cpp
fix_nh_cuda.h ✓ h cpp
fix_nh_eff.cpp ✓ h cpp
fix_nh_eff.h ✓ h cpp
fix_nh_sphere.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_nh_sphere.h ✓ h cpp tex pdf
fix_nph.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_nph.h ✓ h cpp tex pdf
fix_nph_asphere.cpp ✓ h cpp
fix_nph_asphere.h ✓ h cpp
fix_nph_eff.cpp ✓ h cpp
fix_nph_eff.h ✓ h cpp
fix_nph_sphere.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_nph_sphere.h ✓ h cpp tex pdf
fix_nphug.cpp ✓ h cpp
fix_nphug.h ✓ h cpp
fix_npt.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_npt.h ✓ h cpp tex pdf
fix_npt_asphere.cpp ✓ h cpp
fix_npt_asphere.h ✓ h cpp
fix_npt_cuda.cpp ✓ h cpp
fix_npt_cuda.h ✓ h cpp
fix_npt_eff.cpp ✓ h cpp
fix_npt_eff.h ✓ h cpp
fix_npt_sphere.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_npt_sphere.h ✓ h cpp tex pdf
fix_nve.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_asphere.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_asphere.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_asphere_base.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_asphere_base.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_asphere_noforce.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_asphere_noforce.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_awpmd.cpp ✓ h cpp
fix_nve_awpmd.h ✓ h cpp
fix_nve_body.cpp ✓ h cpp
fix_nve_body.h ✓ h cpp
fix_nve_cfd_cn_sphere.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_cfd_cn_sphere.h ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_cuda.cpp ✓ h cpp
fix_nve_cuda.h ✓ h cpp
fix_nve_eff.cpp ✓ h cpp
fix_nve_eff.h ✓ h cpp
fix_nve_limit.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_limit.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_limit_omp.cpp ✓ h cpp
fix_nve_limit_omp.h ✓ h cpp
fix_nve_line.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_line.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_noforce.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_noforce.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_non_spherical.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_non_spherical.h ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_sph.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_sph.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_sph_limit.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_sph_limit.h ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_sph_stationary.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_sph_stationary.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_sphere.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_sphere.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_sphere_aos_omp.cpp ✓ h cpp
fix_nve_sphere_aos_omp.h ✓ h cpp
fix_nve_sphere_limit.cpp ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_sphere_limit.h ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_sphere_omp.cpp ✓ h cpp
fix_nve_sphere_omp.h ✓ h cpp
fix_nve_sphere_partitioned_omp.cpp ✓ h cpp
fix_nve_sphere_partitioned_omp.h ✓ h cpp
fix_nve_superquadric.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_superquadric.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_nve_tri.cpp ✓ h cpp
fix_nve_tri.h ✓ h cpp
fix_nvt.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_nvt.h ✓ h cpp tex pdf
fix_nvt_asphere.cpp ✓ h cpp
fix_nvt_asphere.h ✓ h cpp
fix_nvt_cuda.cpp ✓ h cpp
fix_nvt_cuda.h ✓ h cpp
fix_nvt_eff.cpp ✓ h cpp
fix_nvt_eff.h ✓ h cpp
fix_nvt_sllod.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_nvt_sllod.h ✓ h cpp tex pdf
fix_nvt_sllod_eff.cpp ✓ h cpp
fix_nvt_sllod_eff.h ✓ h cpp
fix_nvt_sphere.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_nvt_sphere.h ✓ h cpp tex pdf
fix_omp.cpp ✓ h cpp
fix_omp.h ✓ h cpp
fix_orient_fcc.cpp ✓ h cpp
fix_orient_fcc.h ✓ h cpp
fix_particledistribution.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_particledistribution.h ✓ h cpp tex pdf
fix_particledistribution_discrete.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_particledistribution_discrete.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_particledistribution_discrete_face.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_particledistribution_discrete_face.h ✓ h cpp tex pdf
fix_pascal_couple.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp
fix_pascal_couple.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp
fix_peri_neigh.cpp ✓ h cpp
fix_peri_neigh.h ✓ h cpp
fix_phonon.cpp ✓ h cpp
fix_phonon.h ✓ h cpp
fix_planeforce.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_planeforce.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_poems.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp
fix_poems.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp
fix_pour.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_pour.h ✓ h cpp tex pdf
fix_press_berendsen.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_press_berendsen.h ✓ h cpp tex pdf
fix_print.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_print.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_property_atom.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_property_atom.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_property_atom_cumulativetracer.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_property_atom_cumulativetracer.h ✓ h cpp tex pdf
fix_property_atom_lammps.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_property_atom_lammps.h ✓ h cpp tex pdf
fix_property_atom_polydispparcel.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_property_atom_polydispparcel.h ✓ h cpp tex pdf
fix_property_atom_region_tracer.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_property_atom_region_tracer.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_property_atom_timetracer.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_property_atom_timetracer.h ✓ h cpp tex pdf
fix_property_atom_tracer.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_property_atom_tracer.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_property_atom_tracer_stream.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_property_atom_tracer_stream.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_property_global.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_property_global.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_qeq_comb.cpp ✓ h cpp
fix_qeq_comb.h ✓ h cpp
fix_qeq_reax.cpp ✓ h cpp
fix_qeq_reax.h ✓ h cpp
fix_read_restart.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_read_restart.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_reax_bonds.cpp ✓ h cpp
fix_reax_bonds.h ✓ h cpp
fix_reax_c.cpp ✓ h cpp
fix_reax_c.h ✓ h cpp
fix_reaxc_bonds.cpp ✓ h cpp
fix_reaxc_bonds.h ✓ h cpp
fix_reaxc_species.cpp ✓ h cpp
fix_reaxc_species.h ✓ h cpp
fix_recenter.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_recenter.h ✓ h cpp tex pdf
fix_region_variable.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_region_variable.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_relax_contacts.h ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
fix_remove.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_remove.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_remove_molecule.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_remove_molecule.h ✓ h cpp tex pdf
fix_respa.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_respa.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_restrain.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_restrain.h ✓ h cpp tex pdf
fix_rigid.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_rigid.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_rigid_nh.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_rigid_nh.h ✓ h cpp tex pdf
fix_rigid_nph.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_rigid_nph.h ✓ h cpp tex pdf
fix_rigid_npt.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_rigid_npt.h ✓ h cpp tex pdf
fix_rigid_nve.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_rigid_nve.h ✓ h cpp tex pdf
fix_rigid_nvt.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_rigid_nvt.h ✓ h cpp tex pdf
fix_rigid_small.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_rigid_small.h ✓ h cpp tex pdf
fix_roughness.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_roughness.h ✓ h cpp tex pdf
fix_scalar_transport_equation.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_scalar_transport_equation.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_scale_diameter.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_scale_diameter.h ✓ h cpp tex pdf
fix_set_force_cuda.cpp ✓ h cpp
fix_set_force_cuda.h ✓ h cpp
fix_set_vel.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_set_vel.h ✓ h cpp tex pdf
fix_setforce.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_setforce.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_shake.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_shake.h ✓ h cpp tex pdf
fix_shake_cuda.cpp ✓ h cpp
fix_shake_cuda.h ✓ h cpp
fix_shear_history.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_shear_history.h ✓ h cpp tex pdf
fix_smd.cpp ✓ h cpp
fix_smd.h ✓ h cpp
fix_speedcontrol.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_speedcontrol.h ✓ h cpp tex pdf
fix_sph.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_sph.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_sph_density_continuity.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_sph_density_continuity.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_sph_density_corr.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_sph_density_corr.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_sph_density_drift_corr.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_sph_density_drift_corr.h ✓ h cpp tex pdf
fix_sph_density_summation.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_sph_density_summation.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_sph_integrity.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_sph_integrity.h ✓ h cpp tex pdf
fix_sph_mixidx.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_sph_mixidx.h ✓ h cpp tex pdf
fix_sph_pressure.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_sph_pressure.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_sph_velgrad.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_sph_velgrad.h ✓ h cpp tex pdf
fix_spring.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_spring.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_spring_rg.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_spring_rg.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_spring_self.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_spring_self.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_srd.cpp ✓ h cpp
fix_srd.h ✓ h cpp
fix_store.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_store.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_store_force.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_store_force.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_store_state.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_store_state.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_temp_berendsen.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_temp_berendsen.h ✓ h cpp tex pdf
fix_temp_berendsen_cuda.cpp ✓ h cpp
fix_temp_berendsen_cuda.h ✓ h cpp
fix_temp_rescale.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_temp_rescale.h ✓ h cpp tex pdf
fix_temp_rescale_cuda.cpp ✓ h cpp
fix_temp_rescale_cuda.h ✓ h cpp
fix_temp_rescale_eff.cpp ✓ h cpp
fix_temp_rescale_eff.h ✓ h cpp
fix_temp_rescale_limit_cuda.cpp ✓ h cpp
fix_temp_rescale_limit_cuda.h ✓ h cpp
fix_template_fragments.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_template_fragments.h ✓ h cpp tex pdf
fix_template_multiplespheres.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_template_multiplespheres.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_template_multisphere.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_template_multisphere.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_template_sphere.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_template_sphere.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_template_superquadric.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_template_superquadric.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_thermal_conductivity.cpp ✓ h cpp
fix_thermal_conductivity.h ✓ h cpp
fix_ti_rs.cpp ✓ h cpp
fix_ti_rs.h ✓ h cpp
fix_ti_spring.cpp ✓ h cpp
fix_ti_spring.h ✓ h cpp
fix_tmd.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_tmd.h ✓ h cpp tex pdf
fix_ttm.cpp ✓ h cpp
fix_ttm.h ✓ h cpp
fix_tune_kspace.cpp ✓ h cpp
fix_tune_kspace.h ✓ h cpp
fix_viscosity.cpp ✓ h cpp
fix_viscosity.h ✓ h cpp
fix_viscous.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_viscous.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_viscous_cuda.cpp ✓ h cpp
fix_viscous_cuda.h ✓ h cpp
fix_voidratio.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_voidratio.h ✓ h cpp tex pdf
fix_wall.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_wall.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_colloid.cpp ✓ h cpp
fix_wall_colloid.h ✓ h cpp
fix_wall_gran.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_gran.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_gran_base.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
fix_wall_gran_omp.cpp ✓ h cpp
fix_wall_gran_omp.h ✓ h cpp
fix_wall_harmonic.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_harmonic.h ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_lj1043.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_lj1043.h ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_lj126.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_lj126.h ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_lj93.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_lj93.h ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_piston.cpp ✓ h cpp
fix_wall_piston.h ✓ h cpp
fix_wall_reflect.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_reflect.h ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_region.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_region.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_region_sph.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_region_sph.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_sph.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_sph.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_sph_general.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_sph_general.h ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_sph_general_base.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_sph_general_base.h ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_sph_general_gap.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_sph_general_gap.h ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_sph_general_simple.cpp ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_sph_general_simple.h ✓ h cpp tex pdf
fix_wall_srd.cpp ✓ h cpp
fix_wall_srd.h ✓ h cpp

improper/dihedral/angle

improper_*, dihedral_*, angle_* ファイルは分子内の角ポテンシャルを計算するクラスです（DEM ではあまり使用しません）。
ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
angle_charmm.cpp ✓ h cpp
angle_charmm.h ✓ h cpp
angle_class2.cpp ✓ h cpp
angle_class2.h ✓ h cpp
angle_cosine.cpp ✓ h cpp
angle_cosine.h ✓ h cpp
angle_cosine_delta.cpp ✓ h cpp
angle_cosine_delta.h ✓ h cpp
angle_cosine_periodic.cpp ✓ h cpp
angle_cosine_periodic.h ✓ h cpp
angle_cosine_shift.cpp ✓ h cpp
angle_cosine_shift.h ✓ h cpp
angle_cosine_shift_exp.cpp ✓ h cpp
angle_cosine_shift_exp.h ✓ h cpp
angle_cosine_squared.cpp ✓ h cpp
angle_cosine_squared.h ✓ h cpp
angle_dipole.cpp ✓ h cpp
angle_dipole.h ✓ h cpp
angle_fourier.cpp ✓ h cpp
angle_fourier.h ✓ h cpp
angle_fourier_simple.cpp ✓ h cpp
angle_fourier_simple.h ✓ h cpp
angle_harmonic.cpp ✓ h cpp
angle_harmonic.h ✓ h cpp
angle_hybrid.cpp angle_hybrid.cppはサブスタイルごとに角度ポテンシャルを計算し、線形和で全体系のエネルギー・ビリアルと原子別量を合成します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
angle_hybrid.h angle_hybrid.cppはサブスタイルごとに角度ポテンシャルを計算し、線形和で全体系のエネルギー・ビリアルと原子別量を合成します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
angle_quartic.cpp ✓ h cpp
angle_quartic.h ✓ h cpp
angle_sdk.cpp ✓ h cpp
angle_sdk.h ✓ h cpp
angle_table.cpp ✓ h cpp
angle_table.h ✓ h cpp
dihedral_charmm.cpp ✓ h cpp
dihedral_charmm.h ✓ h cpp
dihedral_class2.cpp ✓ h cpp
dihedral_class2.h ✓ h cpp
dihedral_cosine_shift_exp.cpp ✓ h cpp
dihedral_cosine_shift_exp.h ✓ h cpp
dihedral_fourier.cpp ✓ h cpp
dihedral_fourier.h ✓ h cpp
dihedral_harmonic.cpp ✓ h cpp
dihedral_harmonic.h ✓ h cpp
dihedral_helix.cpp ✓ h cpp
dihedral_helix.h ✓ h cpp
dihedral_hybrid.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
dihedral_hybrid.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
dihedral_multi_harmonic.cpp ✓ h cpp
dihedral_multi_harmonic.h ✓ h cpp
dihedral_nharmonic.cpp ✓ h cpp
dihedral_nharmonic.h ✓ h cpp
dihedral_opls.cpp ✓ h cpp
dihedral_opls.h ✓ h cpp
dihedral_quadratic.cpp ✓ h cpp
dihedral_quadratic.h ✓ h cpp
dihedral_table.cpp ✓ h cpp
dihedral_table.h ✓ h cpp
improper_class2.cpp ✓ h cpp
improper_class2.h ✓ h cpp
improper_cossq.cpp ✓ h cpp
improper_cossq.h ✓ h cpp
improper_cvff.cpp ✓ h cpp
improper_cvff.h ✓ h cpp
improper_fourier.cpp ✓ h cpp
improper_fourier.h ✓ h cpp
improper_harmonic.cpp ✓ h cpp
improper_harmonic.h ✓ h cpp
improper_hybrid.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
improper_hybrid.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
improper_ring.cpp ✓ h cpp
improper_ring.h ✓ h cpp
improper_umbrella.cpp ✓ h cpp
improper_umbrella.h ✓ h cpp

integrate / update

update.cpp/h・integrate.cpp/h・verlet.cpp/h は時間積分とステップ管理を行います。
ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
integrate.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
integrate.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
update.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
update.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
update_wall_clock_time.h ✓ h tex pdf
verlet.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
verlet.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
verlet_cuda.cpp ✓ h cpp
verlet_cuda.h ✓ h cpp
verlet_implicit.cpp ✓ h cpp tex pdf
verlet_implicit.h ✓ h cpp tex pdf
verlet_split.cpp ✓ h cpp
verlet_split.h ✓ h cpp

library API

library.cpp/h は外部から呼び出す C API を提供します。
ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
library.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
library.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
library_cfd_coupling.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
library_cfd_coupling.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf

mesh

mesh を含むファイルは STL 等のメッシュ形状を壁面境界として扱うクラス群です。
ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
abstract_mesh.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex
input_mesh_hex.cpp ✓ h cpp tex pdf
input_mesh_hex.h ✓ h cpp tex pdf
input_mesh_tet.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
input_mesh_tet.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
input_mesh_tri.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
input_mesh_tri.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
mesh_module.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
mesh_module.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
mesh_module_liquidtransfer.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
mesh_module_liquidtransfer.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
mesh_module_stress.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
mesh_module_stress.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
mesh_module_stress_6dof.cpp ✓ h cpp tex pdf
mesh_module_stress_6dof.h ✓ h cpp tex pdf
mesh_module_stress_servo.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
mesh_module_stress_servo.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
mesh_mover.cpp ✓ h cpp tex pdf
mesh_mover.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
mesh_mover_linear.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
mesh_mover_linear.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
mesh_mover_rotation.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
mesh_mover_rotation.h ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
multi_node_mesh.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
multi_node_mesh_I.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
multi_node_mesh_parallel.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
multi_node_mesh_parallel_I.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
multi_node_mesh_parallel_buffer_I.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
surface_mesh.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
surface_mesh_I.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
surface_mesh_feature_remove.h ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
surface_mesh_feature_remove_I.h ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
tet_mesh.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
tet_mesh.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
tet_mesh_I.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
tracking_mesh.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
tracking_mesh_I.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
tri_mesh.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
tri_mesh.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
tri_mesh_I.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
tri_mesh_I_superquadric.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
tri_mesh_contacts.h ✓ h tex pdf
tri_mesh_deform.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
tri_mesh_planar.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
tri_mesh_planar.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
tri_mesh_planar_I.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
volume_mesh.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
volume_mesh_I.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf

neighbor 探索

neigh_で始まる（またはneighborという名前）ファイルは粒子の近傍ペアを探索しリスト化するアルゴリズムを実装するクラスです。
ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
neigh_bond.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_bond.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_derive.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_derive.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_derive_omp.cpp ✓ cpp
neigh_dummy.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_dummy.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_full.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_full.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_full_cuda.cpp ✓ cpp
neigh_full_omp.cpp ✓ cpp
neigh_gran.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_gran.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_gran_omp.cpp ✓ cpp
neigh_half_bin.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_half_bin.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_half_bin_omp.cpp ✓ cpp
neigh_half_multi.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_half_multi.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_half_multi_omp.cpp ✓ cpp
neigh_half_nsq.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_half_nsq.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_half_nsq_omp.cpp ✓ cpp
neigh_list.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_list.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_mlg_dummy.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
neigh_modify.h ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
neigh_multi_level_grid.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
neigh_request.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_request.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_respa.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_respa.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neigh_respa_omp.cpp ✓ cpp
neigh_stencil.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ cpp tex pdf
neighbor.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neighbor.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
neighbor_bin_hopping.cpp ✓ cpp tex pdf
neighbor_cuda.cpp ✓ h cpp
neighbor_cuda.h ✓ h cpp
neighbor_omp.h ✓ h

pair

pair_*** ファイルは粒子間相互作用ポテンシャル（ペアスタイル）を実装するクラスです。
ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
pair_adp.cpp ✓ h cpp
pair_adp.h ✓ h cpp
pair_airebo.cpp ✓ h cpp
pair_airebo.h ✓ h cpp
pair_awpmd_cut.cpp ✓ h cpp
pair_awpmd_cut.h ✓ h cpp
pair_beck.cpp ✓ h cpp tex pdf
pair_beck.h ✓ h cpp tex pdf
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pair_hybrid_overlay.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
pair_hybrid_overlay.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
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pair_line_lj.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
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pair_mie_cut.h ✓ h cpp tex pdf
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pair_morse.cpp ✓ h cpp tex pdf
pair_morse.h ✓ h cpp tex pdf
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pair_rebo.h ✓ h cpp
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pair_soft.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
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pair_sph.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
pair_sph.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
pair_sph_artvisc_tenscorr.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
pair_sph_artvisc_tenscorr.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
pair_sph_heatconduction.cpp ✓ h cpp
pair_sph_heatconduction.h ✓ h cpp
pair_sph_idealgas.cpp ✓ h cpp
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pair_sph_rhosum.cpp ✓ h cpp
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pair_table.cpp ✓ h cpp tex pdf
pair_table.h ✓ h cpp tex pdf
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pair_tip4p_cut.h ✓ h cpp
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pair_tip4p_long.h ✓ h cpp
pair_tri_lj.cpp ✓ h cpp
pair_tri_lj.h ✓ h cpp
pair_yukawa.cpp ✓ h cpp tex pdf
pair_yukawa.h ✓ h cpp tex pdf
pair_yukawa_colloid.cpp ✓ h cpp
pair_yukawa_colloid.h ✓ h cpp
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pair_yukawa_gpu.cpp ✓ h cpp
pair_yukawa_gpu.h ✓ h cpp
pair_zbl.cpp ✓ h cpp tex pdf
pair_zbl.h ✓ h cpp tex pdf

random 乱数

random_*** ファイルは乱数発生器の実装です。
ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
random_mars.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
random_mars.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
random_park.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
random_park.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf

region

region_*** ファイルはシミュレーション領域内の幾何学形状を定義するクラスです。
ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
region_block.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
region_block.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
region_cone.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
region_cone.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
region_cylinder.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
region_cylinder.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
region_distance_field.cpp ✓ h cpp tex pdf
region_distance_field.h ✓ h cpp tex pdf
region_intersect.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
region_intersect.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
region_mesh_hex.cpp ✓ h cpp tex pdf
region_mesh_hex.h ✓ h cpp tex pdf
region_mesh_hex_I.h ✓ h tex pdf
region_mesh_tet.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
region_mesh_tet.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
region_mesh_tet_I.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
region_neighbor_list.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
region_neighbor_list.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
region_neighbor_list_I.h ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
region_neighbor_list_base.h ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
region_neighbor_list_definitions.h ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
region_plane.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
region_plane.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
region_prism.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
region_prism.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
region_sphere.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
region_sphere.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
region_union.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
region_union.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
region_wedge.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
region_wedge.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf

thermo / output

thermo.cpp/h・output.cpp/h は熱力学量の出力やログ制御を行います。
ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
output.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
output.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
thermo.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
thermo.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf

その他

ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
PolynomialRootFinder.cpp ✓ ✓ h cpp tex pdf
PolynomialRootFinder.h ✓ ✓ h cpp tex pdf
accelerator_cuda.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex
accelerator_omp.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex
angle.cpp 三体(i–j–k)の角度ポテンシャルで力とビリアルを算出し、Newton-Bondでは全体集計、非Newton-Bondでは原子ごとに1/3配分、メモリ使用量も計算します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
angle.h 三体(i–j–k)の角度ポテンシャルで力とビリアルを算出し、Newton-Bondでは全体集計、非Newton-Bondでは原子ごとに1/3配分、メモリ使用量も計算します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
associative_pointer_array.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex
associative_pointer_array_I.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex
balance.cpp balance.cppはXYZ、SHIFT、RCBの３方式で領域負荷を動的に再分割し、不均衡係数を閾値まで低減します。 ✓ ✓ h cpp tex pdf
balance.h balance.cppはXYZ、SHIFT、RCBの３方式で領域負荷を動的に再分割し、不均衡係数を閾値まで低減します。 ✓ ✓ h cpp tex pdf
body.cpp ✓ h cpp tex
body.h ✓ h cpp tex
body_nparticle.cpp ✓ h cpp
body_nparticle.h ✓ h cpp
bond.cpp Bondクラスは派生スタイルから得た結合エネルギーと力を結合ごとに集計し、全体・原子別にエネルギーとビリアルを累積管理します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
bond.h Bondクラスは派生スタイルから得た結合エネルギーと力を結合ごとに集計し、全体・原子別にエネルギーとビリアルを累積管理します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
bond_class2.cpp ✓ h cpp
bond_class2.h ✓ h cpp
bond_fene.cpp ✓ h cpp
bond_fene.h ✓ h cpp
bond_fene_expand.cpp ✓ h cpp
bond_fene_expand.h ✓ h cpp
bond_gran.cpp BondGranモデルは弾性-塑性結合を法線・せん断ひずみとトルク、粘性減衰で表し、破断条件を距離・応力・温度基準で判定します。 ✓ ✓ h cpp tex pdf
bond_gran.h BondGranモデルは弾性-塑性結合を法線・せん断ひずみとトルク、粘性減衰で表し、破断条件を距離・応力・温度基準で判定します。 ✓ ✓ h cpp tex pdf
bond_harmonic.cpp 調和結合ポテンシャルは平衡長からの変位に比例した二次エネルギー、弾性力、ビリアルを提供します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
bond_harmonic.h 調和結合ポテンシャルは平衡長からの変位に比例した二次エネルギー、弾性力、ビリアルを提供します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
bond_harmonic_shift.cpp ✓ h cpp
bond_harmonic_shift.h ✓ h cpp
bond_harmonic_shift_cut.cpp ✓ h cpp
bond_harmonic_shift_cut.h ✓ h cpp
bond_hybrid.cpp bond_hybrid.cppは複数のサブスタイル結合ポテンシャルを一括で評価し、エネルギー・力・ビリアルをスタイルごとに合成します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
bond_hybrid.h bond_hybrid.cppは複数のサブスタイル結合ポテンシャルを一括で評価し、エネルギー・力・ビリアルをスタイルごとに合成します。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
bond_morse.cpp ✓ h cpp
bond_morse.h ✓ h cpp
bond_nonlinear.cpp ✓ h cpp
bond_nonlinear.h ✓ h cpp
bond_quartic.cpp ✓ h cpp
bond_quartic.h ✓ h cpp
bond_table.cpp ✓ h cpp
bond_table.h ✓ h cpp
bounding_box.cpp 軸並行な境界ボックスの体積計算、拡張、押し出し、点包含、並列集約、交差縮小、包含判定を数式で表現しています。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
bounding_box.h 軸並行な境界ボックスの体積計算、拡張、押し出し、点包含、並列集約、交差縮小、包含判定を数式で表現しています。 ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
change_box.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
change_box.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
citeme.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
citeme.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
coarsegraining.cpp ✓ ✓ h cpp tex
coarsegraining.h ✓ ✓ h cpp tex
colvarproxy_lammps.cpp ✓ h cpp
colvarproxy_lammps.h ✓ h cpp
compute.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
compute.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
constParticleTemplateSphere.h ✓ h tex pdf
contact_force_corrector.cpp ✓ h cpp tex pdf
contact_force_corrector.h ✓ h cpp tex pdf
contact_force_corrector_I.h ✓ h tex pdf
contact_interface.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
contact_models.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp
contact_models.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp
container.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex
container_base.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
container_base.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex
container_base_I.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h tex pdf
create_atoms.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
create_atoms.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
create_box.cpp ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
create_box.h ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ h cpp tex pdf
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メイン / lammps

main.cpp はエントリポイント、lammps.cpp/h はシミュレーション全体を制御します。
ファイル名 説明 ■ ■ ■ ■ ■ h cpp tex pdf
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